Johann van Beethoven was de zoon van Maria Josepha Ball (gehuwd 1733) en Lodewijk of Ludwig van Beethoven (1712-1773; niet te verwarren met Johann’s beroemde zoon met dezelfde naam), die waarschijnlijk was geboren in of bij de stad Mechelen, in de Habsburgse Nederlanden (nu in Vlaanderen, België), en als musicus had gediend in verschillende gemeenschappen in en rond Mechelen voordat hij zich in 1733 in Bonn vestigde, waar hij als musicus diende aan het hof van Prins-Archbisschop-Keulen Clemens August van Beieren, en in 1761 opklom tot Kapellmeister. Johann van Beethoven, die ook muzikaal talent toonde, trad in 1764 toe tot het hof, voornamelijk als zanger. Naast het zingen (zijn bereik, hoewel gewoonlijk omschreven als dat van een tenor, kan zich hebben uitgebreid tot alt en zelfs hogere registers), speelde hij viool en citer, en bespeelde en onderwees klavierinstrumenten van die tijd, waaronder het klavecimbel en het clavichord.
Hij ontmoette zijn toekomstige vrouw, Maria Magdalena Keverich (1746-1787), op een reis naar Ehrenbreitstein. Zij was de dochter van de chef-kok van Johann IX Philipp von Walderdorff, aartsbisschop-keurvorst van Trier, wiens hof daar was, en zij had familieverbindingen in het hoforkest te Bonn. Keverich was al op negentienjarige leeftijd weduwe. Zij en Johann trouwden op 12 november 1767 in de katholieke kerk van St Remigius, Bonn. Zij kregen zeven kinderen, van wie er drie volwassen werden:
- Ludwig Maria van Beethoven (2 april 1769 – 6 april 1769)
- Ludwig van Beethoven (16 december 1770 te Bonn, Kurköln – 26 maart 1827)
- Kaspar Anton Karl van Beethoven (8 april 1774 – 15 november 1815)
- Nikolaus Johann van Beethoven (2 oktober 1776 – 12 januari 1848)
- Anna Maria Franziska van Beethoven (23 februari 1779 – 27 februari 1779)
- Franz Georg van Beethoven (17 januari 1781 – 16 augustus 1783)
- Maria Margarete Josepha van Beethoven (5 mei 1786 – 26 november 1787)
Johann besefte het talent van Ludwig en werd zijn eerste leraar. Hij was echter, volgens een aantal getuigen, een mishandelende vader. “Er waren maar weinig dagen waarop hij niet werd geslagen om hem te dwingen zich aan de piano te zetten,” vertelde een jeugdvriend van Ludwig. Een raadsheer van de rechtbank meldde dat Johann Ludwig af en toe opsloot in een kelder. Als Ludwig slecht speelde, riep Johann uit dat het een schande voor de familie was. Johann was alcoholist, een situatie die verergerde toen Maria in 1787 overleed, waarna de familie voor ondersteuning steeds meer afhankelijk werd van de jonge Ludwig. In 1789 verkreeg de 18-jarige Ludwig een bevel dat inhield dat de helft van Johann’s loon aan hem werd afgedragen om het gezin te onderhouden.
Johann stierf in 1792, niet lang nadat Ludwig naar Wenen was verhuisd om bij Joseph Haydn te gaan studeren. Zijn werkgever de keurvorst schreef sardonisch aan een vriend: “De inkomsten uit de drankaccijns hebben een verlies geleden door de dood van Beethoven.”