Hoewel deze vaak worden verwaarloosd, worden kernmonsters altijd in zekere mate aangetast tijdens het proces van het snijden van de kern, het hanteren en het bestuderen ervan. Niet-destructieve technieken worden steeds gebruikelijker, b.v. het gebruik van MRI-scanning om korrels, poriënvloeistoffen, poriënruimten (porositeit) en hun interacties (die een deel van de doorlatendheid uitmaken) te karakteriseren, maar een dergelijke kostbare subtiliteit wordt waarschijnlijk verspild aan een kern die 300 km over een onverharde weg op een ongeveerde vrachtwagen is geschoven. Wat er met de boorkernen gebeurt tussen de ophaalapparatuur en het uiteindelijke laboratorium (of archief) is een vaak verwaarloosd onderdeel van het bijhouden van gegevens en het beheer van boorkernen.
Boorkernen worden nu erkend als een belangrijke bron van gegevens, en er wordt meer aandacht en zorg besteed aan het voorkomen van schade aan de boorkern tijdens de verschillende stadia van het vervoer en de analyse. De gebruikelijke manier om dit te doen is de kern volledig te bevriezen met behulp van vloeibare stikstof, die goedkoop verkrijgbaar is. In sommige gevallen worden ook speciale polymeren gebruikt om de kern te conserveren en te beschermen tegen beschadiging.
Ook heeft een kernmonster dat niet in verband kan worden gebracht met zijn context (waar het zich bevond voordat het een kernmonster werd) veel van zijn nut verloren. De identificatie van het boorgat, en de positie en oriëntatie (“weg naar boven”) van de kern in het boorgat is van cruciaal belang, zelfs als het boorgat zich in een boomstam bevindt – dendrochronologen proberen altijd een schorsoppervlak in hun monsters op te nemen, zodat de datum van de meest recente groei van de boom ondubbelzinnig kan worden bepaald.
Als deze gegevens gescheiden raken van de kernmonsters, is het meestal onmogelijk om die gegevens terug te krijgen. De kosten van een booroperatie kunnen variëren van enkele valuta-eenheden (voor een met de hand gevangen kern uit een zachte bodemsectie) tot tientallen miljoenen valuta-eenheden (voor zijwandkernen uit een afgelegen offshore-boorgat van vele kilometers diep). Ontoereikende registratie van dergelijke basisgegevens heeft het nut van beide soorten boorkernen tenietgedaan.
Verschillende disciplines hebben verschillende lokale conventies voor het registreren van deze gegevens, en de gebruiker moet zich vertrouwd maken met de conventies van zijn gebied. In de olie-industrie bijvoorbeeld, wordt de oriëntatie van de boorkern gewoonlijk vastgelegd door de kern te markeren met twee longitudinale kleurstrepen, met de rode aan de rechterkant wanneer de kern wordt opgehaald en aan de oppervlakte wordt gemarkeerd. Voor het boren van boorkernen voor de winning van mineralen kunnen eigen, afwijkende conventies gelden. Voor civieltechnisch onderzoek of bodemonderzoek kunnen eigen, afwijkende conventies gelden, aangezien het materiaal daarvan vaak niet geschikt is om permanente merktekens op aan te brengen.
Het wordt steeds gebruikelijker om boormonsters te bewaren in cilindrische verpakkingen die deel uitmaken van de booruitrusting, en om op deze “binnenvaten” in het veld de merktekens aan te brengen vóór verdere verwerking en analyse in het laboratorium. Soms wordt de kern zo lang als hij uit de grond komt van het veld naar het laboratorium vervoerd; andere keren wordt hij voor verzending in standaardlengtes gesneden (5 m of 1 m of 3 voet) en dan in het laboratorium weer in elkaar gezet. Sommige van de “inner barrel”-systemen kunnen op het kernmonster worden omgekeerd, zodat het monster in het laboratorium de “verkeerde kant op” gaat wanneer de kern opnieuw wordt gemonteerd. Dit kan de interpretatie bemoeilijken.
Als in het boorgat petrofysische metingen van het wandgesteente worden gedaan, en deze metingen worden herhaald over de lengte van de kern, en de twee datasets worden gecorreleerd, zal men bijna universeel vinden dat de diepte “van record” voor een bepaald stuk kern verschilt tussen de twee meetmethoden. Welke reeks metingen men dan moet geloven wordt een kwestie van beleid voor de klant (in een industriële omgeving) of van grote controverse (in een context zonder een overkoepelende autoriteit. Door vast te leggen dat er verschillen zijn, om welke reden dan ook, blijft het mogelijk om later een onjuiste beslissing te corrigeren; door de “onjuiste” dieptegegevens te vernietigen wordt het onmogelijk om later een fout te herstellen. Elk systeem voor het bewaren en archiveren van gegevens en kernmonsters moet zo worden ontworpen dat afwijkende meningen zoals deze kunnen worden bewaard.
Als kernmonsters van een campagne competent zijn, is het gebruikelijk om ze te “plakken” – het monster in de lengte in twee of meer monsters te snijden – vrij vroeg in de laboratoriumverwerking, zodat één set monsters vroeg in de analysesequentie kan worden gearchiveerd als bescherming tegen fouten in de verwerking. “Slabbing” van de kern in een 2/3 en een 1/3 set is gebruikelijk. Het is ook gebruikelijk dat één set wordt bewaard door de belangrijkste klant, terwijl de tweede set naar de overheid gaat (die vaak als voorwaarde voor exploratie-/exploitatievergunningen stelt dat een dergelijke donatie plaatsvindt). “Slabbing” heeft ook het voordeel dat een vlak, glad oppervlak wordt verkregen voor onderzoek en het testen van de profielpermeabiliteit, wat veel gemakkelijker is om mee te werken dan het meestal ruwe, gebogen oppervlak van kernmonsters wanneer zij vers uit de boorapparatuur komen. Fotografie van ruwe en “slabbed” kernoppervlakken is routine, vaak onder zowel natuurlijk als ultraviolet licht.
Een lengte-eenheid die af en toe wordt gebruikt in de literatuur over zeebodemkernen is cmbsf, een afkorting voor centimeters onder de zeebodem.