Primaire Databanken van Empirisch Bepaalde 3-D Modellen
open in nieuw vensterBMRB |
BioMagResBank. Een repository voor gegevens van NMR-spectroscopie op biomoleculen. De BMRB maakt deel uit van de wwPDB. De coördinaten en constraint data worden vrijgegeven door de PDB terwijl andere NMR spectrale data (zoals chemische verschuivingen, koppelingsconstanten, en relaxatie parameters) worden gearchiveerd door BMRB.
|
open in nieuw vensterCSD |
The Cambridge Structural Database. Commerciële opslagplaats voor kristalstructuren van kleine organische moleculen, waaronder korte polypeptiden en polysacchariden (CSD met WIS-licentie)
|
open in een nieuw vensterNDB |
Een opslagplaats voor structurele informatie over nucleïnezuren. De structuren zijn zowel in de wwPDB als in de NDB gearchiveerd.
|
open in nieuw vensterwwPDB |
De wereldwijde Protein Data Bank (wwPDB) is de internationaal erkende enige opslagplaats van alle gepubliceerde macromoleculaire driedimensionale structuren die empirisch zijn bepaald. Het PDB-archief is toegankelijk via de volgende portals:
- open in nieuw vensterRCSB PDB (USA)
- MSD-EBI (Europa)
- open in nieuw vensterPDBj (Japan)
|
Alerts |
|
|
open in nieuw vensterPDBalert |
Automatisch systeem dat gebruikers waarschuwt zodra een PDB-structuur met homologie voor een interessant eiwit beschikbaar komt |
|
soaPDB |
Webtool voor het genereren en organiseren van opgeslagen PDB-zoekopdrachten, inclusief automatische e-mail alerts |
|
open in nieuw vensterSeqAlert |
Automatisch systeem dat gebruikers waarschuwt zodra een PDB structuur met homologie met een eiwit van interesse beschikbaar komt |
|
|
Gerelateerde (afgeleide) structuurdatabases
Jena Library |
De database heeft tot doel informatie over structuurmodellen in de PDB te integreren met de nadruk op visualisatie en analyse. |
open in nieuw vensterMMDB |
NCBI’s Entrez 3-D structuurdatabank. Het NCBI heeft structuurgegevens gekoppeld aan bibliografische informatie, aan de sequentiedatabases en aan de NCBI-taxonomie. Het bevat hulpmiddelen voor sequentie- en structuurvisualisatie (Cn3D). |
open in nieuw vensterOCA |
OCA, een browser-database voor eiwitstructuur/functie. OCA integreert gegevens uit verschillende bronnen met de nadruk op sequentie-structuur-functie-informatie. |
open in new windowPDBsum |
Het PDBsum is een grafische database die in één oogopslag een overzicht geeft van de inhoud van elke 3D-structuur die in het PDB is gedeponeerd. Het toont de molecule(s) waaruit de structuur bestaat (d.w.z. eiwitketens, DNA, liganden en metaalionen) en schematische diagrammen van hun interacties. |
PDBWiki |
Gemeenschap geannoteerde kennisbank van biologische moleculaire structuren en gerelateerde informatie. |
open in nieuw vensterProteopedia |
Samenwerkende wiki encyclopedie van eiwitten en andere macromoleculen structuren. Proteopedia bevat een pagina voor elk item in de wwPDB, alsmede door gebruikers gemaakte interactieve pagina’s die tot doel hebben structuur/functie informatie op een gebruikersvriendelijke manier te presenteren aan een breed wetenschappelijk publiek. Proteopedia maakt gebruik van een eenvoudig te gebruiken scène-authoring tool. |
|
Structurele classificatiedatabases
CATH |
Hiërarchische classificatiedatabase
|
open in nieuw vensterSCOP |
Hiërarchische classificatie database
|
open in nieuw vensterDe Dali Database |
Voudsclassificatie op basis van structuur-structuuralignering van proteïnen
|
TOPS |
Databank van topologieën van proteïnen
|
|
|
Gespecialiseerde Structurele Databanken
De volgende databanken waren gericht op specifieke eiwitfamilies of andere biologische macromoleculen en bevatten structurele informatie die is afgeleid van de wwPDB.
open in nieuw vensterAmyPDB |
Amyloïde proteïnen, |
open in nieuw vensterAntilichamen |
Cytochroom P450 |
open in nieuw vensterCAZy |
Carbohydraat actieve enzymen |
CyBase |
Cyclische proteïnen |
open in nieuw vensterCYPED |
|
open in een nieuw vensterEC→PDB |
Enzymen |
in een nieuw venster openenESTHER |
Alpha/bèta hydrolasen homoloog aan cholinesterasen |
open in nieuw vensterEyeSite |
Eiwitten die functioneren in het oog |
open in nieuw vensterGLYCO3D |
Carbohydraten, Lectines, Glycosyltransferases, Gag bindende proteïnen |
GlycoSuite |
Glycanen |
glycoSCIENCE |
|
open in nieuw vensterGPCRDB |
G eiwit-gekoppelde receptoren |
open in nieuw vensterHIV Structural Database |
|
open in nieuw vensterHMPDb |
Humane mitochondriale eiwitten |
open in nieuw vensterHmrbase |
Hormonen |
open in nieuw vensterHomeodomain Resource |
|
open in nieuw vensterKNOTIN |
|
open in nieuw vensterLS-SNP/PDB |
Geannoteerde nietsynonieme SNP’s gekoppeld aan PDB-structuren |
MEROPS |
Peptidases |
MDB |
Metalloproteïnen |
MemPro |
Membraaneiwitten |
MPDB |
Membraan eiwitten |
RNA FRABASE |
|
SAAPdb |
Mapping SNP’s en pathogene afwijkingen (PD’s) aan eiwitstructuurgegevens |
SDAP |
Allergene eiwitten |
EF-Hand |
|
|
|
Databases van theoretisch bepaalde 3-D modellen
De volgende databases bevatten 3-D modellen van eiwitten die door middel van vergelijkende modellering zijn berekend. Probeer deze databanken voordat u uw eigen vergelijkende modelleerproject begint.
open in nieuw vensterMODBASE |
Automatische berekeningen met ModPipe
open in nieuw vensterPMP |
Modellenstructuren uit verschillende bronnen (CSMP, JCSG, MCSG, NESG, NYSGXRC, JCMM, ModBase, SWISS-MODEL Repository)
open in nieuw vensterSWISS MODEL Repository |
Automatische berekeningen met SWISS_MODEL