De prognose voor patiënten met MG is over het algemeen goed. Milde gevallen van MG kunnen vaak beter niet worden behandeld. Bij de behandeling moeten medicijnen worden vermeden die de neuromusculaire transmissie kunnen verslechteren, zoals aminoglycoside-antibiotica, quinolon-antibiotica, bètablokkers, chloroquine, anti-aritmica, calciumkanaalblokkers, sommige anticonvulsiva en intraveneus jodiumhoudend contrastmiddel.
MG is kenmerkend variabel in beloop, waarbij de frequentie van diplopie en ptosis wordt beïnvloed door omgevings-, emotionele en fysieke factoren zoals fel zonlicht, stress, virale ziekte, menstruatie, zwangerschap, enz. Spontane remissie kan bij elke patiënt optreden en jarenlang aanhouden. In een studie naar de natuurlijke geschiedenis van gegeneraliseerde MG bij 168 patiënten (met een gemiddelde follow-up van 12 jaar), ervoer 14% volledige remissie.
Patiënten met milde tot matige oculaire myasthenie worden gewoonlijk in eerste instantie behandeld met orale anticholinesterase middelen, waarvan Mestinon (pyridostigmine) de meest gebruikte is. Er zijn geen gerandomiseerde klinische studies uitgevoerd met deze middelen, en deze behandeling is vaak niet succesvol, met name wat betreft het oplossen van diplopie. Vervolgens wordt een immunosuppressieve therapie gestart en het middel van keuze is meestal prednison. In een kleine gecontroleerde studie toonde dit middel een grotere werkzaamheid dan pyridostigmine. Steroïdtherapie is controversieel, maar in een andere studie suggereerden de resultaten dat prednison de progressie naar gegeneraliseerde MG vermindert. Er is niet één aanbevolen doseringsschema in het licht van de bijwerkingen die vaak geassocieerd worden met chronische corticosteroïdtherapie, en de moeilijkheid om patiënten van steroïden af te helpen zonder verergering van de symptomen. De respons op prednisontherapie is variabel.
Bovendien moeten MG-patiënten worden onderzocht op thymomen, en als ze worden gevonden, moeten ze een operatie ondergaan om deze aandoening aan te pakken. Een profylactische thymectomie is controversieel, maar is nuttig gebleken bij jonge MG patiënten met acute ziekte binnen 3 jaar na het begin van de ziekte, bij patiënten met vergrote thymusklieren bij wie een operatie weinig risico’s met zich meebrengt, en bij patiënten met gegeneraliseerde MG die niet reageren op medische behandeling.
De symptomen van oculaire MG kunnen ook worden aangepakt met niet-medicamenteuze middelen. Ptosis kan worden gecorrigeerd door het plaatsen van krukken op brillen en met ptosis tape om ooglid droop te verheffen. Diplopie kan worden gecorrigeerd door occlusie met oogpatches, frosted lenzen, occluderende contactlenzen, of door eenvoudig ondoorzichtig plakband over een deel van de bril aan te brengen. Ook kunnen plastic prisma’s (Fresnel prisma’s) worden bevestigd aan de bril van een diplopiepatiënt, waardoor het zicht van beide ogen in de betrokken richting kan worden uitgelijnd, maar dit is vaak problematisch als de mate van spierzwakte, en dus de uitlijning van de ogen, vaak schommelt.