Presidentsschap en vete met Jackson
Toen de tweede termijn van President Monroe in 1824 ten einde liep, was er een gebrek aan goed gevoel onder zijn officiële adviseurs, van wie er drie – Staatssecretaris John Quincy Adams, Minister van Oorlog John C. Calhoun, en Secretaris van de Schatkist William H. Crawford – er op uit waren hem op te volgen. Henry Clay, voorzitter van het Huis, en Generaal Andrew Jackson waren ook kandidaten. Calhoun werd genomineerd voor het vice-presidentschap. Van de andere vier kreeg Jackson 99 kiesmannen voor het presidentschap, Adams 84, Crawford 41, en Clay 37; omdat niemand een meerderheid had, werd de beslissing genomen door het Huis van Afgevaardigden, dat zich in zijn keuze beperkte tot de drie kandidaten die het grootste aantal stemmen hadden gekregen. Clay, die jarenlang een censorische houding tegenover Jackson had aangenomen, wierp zijn invloed op Adams, wiens verkiezing daardoor op de eerste stemronde was verzekerd. Een paar dagen later bood Adams Clay het ambt van staatssecretaris aan, dat hij aanvaardde. Jackson’s aanhangers beschuldigden hem van een “corrupt koopje” en maakten van Adams’ ambtstermijn een vierjarige campagne om voor hun man te winnen wat zij beschouwden als zijn rechtmatige plaats, het presidentschap.
Tot dan toe was Adams’ carrière bijna uniform succesvol geweest, maar zijn presidentschap (1825-29), gedurende welke het land voorspoed boekte, was in de meeste opzichten een politieke mislukking vanwege de virulente oppositie van de Jacksonianen. Adams werkte hard, stond ’s morgens tussen vier en zes uur op en maakte vaak voor het ontbijt een wandeling door de stad of een duik in de Potomac River. Een keer verdronk hij bijna toen de mouwen van zijn blouse vol water liepen en hem zwaar maakten. Maar hij wist dat hij geen man van het volk was. Hij had in zijn inaugurele rede toegegeven dat hij “minder uw vertrouwen bezat… dan een van mijn voorgangers.” Hij was, naast andere toekomstgerichte voorstellen, voorstander van de oprichting van een nationale universiteit en een nationaal astronomisch observatorium; hij wenste dat de westelijke gebieden door de federale regering in bewaring zouden worden gehouden en slechts geleidelijk ontwikkeld zouden worden; en hij stelde voor om de wegen van het land met federale steun enorm uit te breiden. Het Congres was over het algemeen doof voor zijn initiatieven.
In 1828 werd Jackson verkozen tot president boven Adams, met 178 kiesmannen tegen 83 van Adams. Tijdens Jacksons regering ontstonden onverzoenlijke meningsverschillen tussen zijn volgelingen en die van Adams. De laatsten werden bekend als de Nationale Republikeinen, die samen met de Anti-Metselaars de voorlopers waren van de Whigs. Adams’ intense afkeer van Jackson en wat hij vertegenwoordigde bleef onverminderd bestaan. Toen Harvard College in 1833 Jackson een eredoctoraat verleende, weigerde Adams de ceremonie aan zijn alma mater bij te wonen. Hij verklaarde dat hij “niet aanwezig wilde zijn om getuige te zijn van de schande dat de hoogste onderscheidingen werden verleend aan een barbaar die geen grammaticale zin kon schrijven en nauwelijks zijn eigen naam kon spellen.”
Adams had zich in 1829 teruggetrokken in zijn privé-leven in het stadje Quincy in Massachusetts, maar slechts voor korte tijd; in 1830 werd hij, grotendeels gesteund door leden van de Anti-Metselaarsbeweging (een politieke kracht die aanvankelijk was ontstaan uit verzet tegen de Vrijmetselarij), gekozen tot lid van het nationale Huis van Afgevaardigden. Toen hem werd gesuggereerd dat het aanvaarden van deze functie een degradatie van een voormalig president zou betekenen, antwoordde Adams dat niemand kon worden gedegradeerd door het volk te dienen als vertegenwoordiger in het Congres of als selectman van zijn stad. Hij diende in het Huis van Afgevaardigden van 1831 tot aan zijn dood, in 1848. Maar hij had zijn hoop op een herverkiezing voor het presidentschap niet opgegeven – hetzij als kandidaat van de Anti-Masonic Party (waarin hij zeer actief was zolang die partij politieke mogelijkheden had) of van de National Republican Party of van een unie van beide of zelfs van de latere Whig Party – altijd in zijn eigen geest als een “man van de hele natie”. Geleidelijk vervloog deze hoop.