Los lagos, los ríos y las montañas son límites naturales sin marcadores específicos en el terreno.
Lagos y ríos
En los lagos y los ríos el límite suele pasar por el centro de la masa de agua. El lago de Ginebra constituye el límite con Francia, el río Rin con Alemania y el río Inn con Austria. Las excepciones a esta regla son el río Doubs en el Cantón del Jura, donde la frontera está definida por la orilla del río suizo y el río Morge en St-Gingolph, donde el borde superior de la orilla del río suizo define la frontera.
Estas excepciones tienen raíces históricas y reflejan las relaciones de poder de los estados participantes en el momento en que se definieron las fronteras. Las definiciones de las fronteras en estos casos se siguen estableciendo en tratados internacionales en la actualidad.
El lago de Constanza es un caso especial, ya que los tres estados ribereños, Suiza, Alemania y Austria, nunca han definido una frontera legal. Sólo se ha definido una frontera técnica entre los tres Estados. El lago se considera un condominio bajo la soberanía de los tres países ribereños. Todos los asuntos relacionados con su frontera se tratan mediante acuerdos escritos entre estos países.