Liczenie komórek żywych
Istnieją różne sposoby wyliczenia liczby bakterii w próbce. Liczba żywych komórek pozwala określić liczbę aktywnie rosnących/ dzielących się komórek w próbce. Metoda liczenia na płytkach lub płytka do posiewu polega na wzroście kolonii bakterii na pożywce. Kolonia staje się widoczna gołym okiem, a liczba kolonii na płytce może być policzona. Aby metoda była skuteczna, rozcieńczenie oryginalnej próbki musi być tak dobrane, aby średnio wyrosło od 30 do 300 kolonii docelowej bakterii. Mniej niż 30 kolonii powoduje, że interpretacja jest statystycznie nieuzasadniona, a więcej niż 300 kolonii często powoduje nakładanie się kolonii i brak precyzji w liczeniu. W celu zapewnienia, że zostanie wygenerowana odpowiednia liczba kolonii, zwykle hoduje się kilka rozcieńczeń. Procedura laboratoryjna obejmuje wykonanie seryjnych rozcieńczeń próbki (1:10, 1:100, 1:1000 itd.) w sterylnej wodzie i hodowanie ich na agarze odżywczym w naczyniu, które jest szczelnie zamknięte i inkubowane. Typowe podłoża obejmują agar płytkowy do ogólnego liczenia lub agar MacConkey do liczenia bakterii gram-ujemnych, takich jak E. coli. Zazwyczaj jeden zestaw płytek inkubuje się w temperaturze 22°C i przez 24 godziny, a drugi zestaw w temperaturze 37°C przez 24 godziny. Skład pożywki zwykle zawiera odczynniki, które są odporne na wzrost organizmów niebędących celem i ułatwiają identyfikację organizmu docelowego, często poprzez zmianę koloru pożywki. Niektóre najnowsze metody zawierają środek fluorescencyjny, dzięki czemu liczenie kolonii może być zautomatyzowane. Pod koniec okresu inkubacji kolonie są liczone wzrokowo, procedura ta zajmuje kilka chwil i nie wymaga mikroskopu, ponieważ kolonie mają zazwyczaj kilka milimetrów średnicy.
Metoda „pour plate” jest stosowana, gdy analiza poszukuje gatunków bakterii, które słabo rosną w powietrzu. Wstępna analiza jest wykonywana przez mieszanie seryjnych rozcieńczeń próbki w płynnym agarze odżywczym, który jest następnie wlewany do butelek. Butelki są następnie szczelnie zamykane i kładzione na bokach, aby uzyskać pochyłą powierzchnię agaru. Po inkubacji kolonie, które rozwijają się w podłożu, można policzyć na oko. Całkowita liczba kolonii określana jest jako całkowita liczba kolonii (Total Viable Count – TVC). Jednostką pomiaru jest cfu/ml (lub jednostki tworzące kolonię na mililitr) i odnosi się do oryginalnej próbki. Obliczenie to jest wielokrotnością policzonej liczby kolonii pomnożonej przez zastosowane rozcieńczenie. Przykładem liczenia komórek żywotnych są płytki do posiewu z seryjnego rozcieńczenia hodowli płynnej i płytki do wylewu. Za pomocą płytki do posiewu wykonuje się seryjne rozcieńczenia w podłożu płynnym, a następnie rozprowadza się znaną objętość z ostatniej probówki w serii rozcieńczeń. Kolonie na płytce mogą być następnie policzone i można obliczyć stężenie bakterii w hodowli pierwotnej. W metodzie „pour plate” rozcieńczona próbka bakteryjna jest mieszana z roztopionym agarem, a następnie mieszanina ta jest wylewana na płytkę Petriego. Ponownie należy policzyć kolonie i obliczyć liczbę komórek zdolnych do życia.