Płuca są narażone na działanie ogromnych ilości powietrza i potencjalnie zakaźnych czynników, ale poważne zakażenia występują rzadko, co świadczy o nadzwyczajnych naturalnych mechanizmach obronnych dróg oddechowych. Do najczęstszych przyczyn bakteryjnych zakażeń płuc u normalnych gospodarzy należą Streptococcus pneumoniae, Haemophilus species, Staphylococcus aureus i Mycobacterium tuberculosis. U nosicieli upośledzonych, bakteryjne przyczyny zapalenia płuc są znacznie szersze, włączając w to gatunki, które zwykle nie są uważane za wysoce zjadliwe dla ludzi. W rzeczywistości zakażenie jednym z tych niezwykłych gatunków bakterii wymaga poszukiwania stanu obniżenia odporności. Normalne mechanizmy obronne dróg oddechowych obejmują nieswoiste czynniki fizyczne („śluzówkowe schody ruchome”) oraz czynniki wrodzone, w tym defensyny, lizozym i komórki fagocytarne (leukocyty wielojądrzaste, makrofagi pęcherzyków płucnych i komórki dendrytyczne). Obronę przeciwbakteryjną wzmacniają opsoniny, w tym te występujące samoistnie (surfaktant i składniki dopełniacza) oraz immunoglobuliny indukowane. Do stanów upośledzenia odporności, w których często dochodzi do bakteryjnych zakażeń płuc, należą (ale nie są ograniczone do) hipogammaglobulinemia, przewlekła choroba ziarniniakowa i pierwotna dyskineza rzęsek. Każdy z tych stanów ilustruje zasadniczą rolę wyłączonego elementu wrodzonego i adaptacyjnego układu odpornościowego w utrzymaniu sterylności dolnych dróg oddechowych.