Biorepozytorium

Wprowadzenie

Bloki tkanek zatopionych w parafinie zwykle odnoszą się do utrwalonych w formalinie, zatopionych w parafinie (FFPE) próbek tkanek, które były używane w różnych zastosowaniach terapeutycznych i badaniach przez wiele dziesięcioleci. Jest to metoda stosowana w celu zachowania i przygotowania biospektymów do wykorzystania w badaniach eksperymentalnych, testach, diagnostyce i rozwoju terapii. Próbka tkanki jest najpierw utrwalana za pomocą formaliny lub formaldehydu, aby zapewnić, że istotne struktury i białka w tkance pozostaną w stanie jak najbardziej zbliżonym do tego, w jakim znajdowały się, gdy była ona jeszcze częścią gospodarza. Po utrwaleniu tkanka jest osadzana w bloku parafinowym, aby ułatwić jej wycinanie i umieszczanie na szkiełkach mikroskopowych do celów badawczych.

Proces

Tkanki są najpierw pobierane zarówno od chorych, jak i normalnych gospodarzy. W biospecimens raka, onkolog często porównuje guza pierwotnego z próbkami, które są uzyskiwane z odległych miejsc przerzutowych. Uzyskane tkanki mierzą zwykle tylko kilka centymetrów w zależności od charakteru i źródła oraz tkanki. Natychmiast po wycięciu, biopróbka jest zanurzana w 10% obojętnej zbuforowanej formalinie na 18 do 24 godzin w celu utwardzenia tkanki. Następnie jest odwadniany i oczyszczany przy użyciu coraz większych stężeń etanolu. Następnie jest zatapiany w parafinie o jakości immunohistochemicznej, która jest specjalnie używana do zatapiania tkanek utrwalonych w formalinie. Jednym z najważniejszych czynników jest czas utrwalania, ponieważ tkanki utrwalone zbyt wcześnie mogą być nieprzydatne do badań z zakresu biologii molekularnej. Czas utrwalania musi być wystarczająco długi, aby zapewnić konserwację.

Po pozyskaniu próbki są traktowane ostrożnie, aby utrzymać ich jakość. Niepowodzenie w prawidłowym obchodzeniu się z nimi może prowadzić do ujawnienia się nietypowych cech, które mogą wpłynąć na wyniki badań lub wnioskowanie. Metoda przygotowania próbki zależy zazwyczaj od wymagań zespołu badawczego. Mogą one obejmować specyfikacje dotyczące przeznaczenia tkanki, jej wielkości lub sposobu jej cięcia. Dobrym przykładem może być cięcie mięśni wzdłuż „ziarna” włókien mięśniowych lub w poprzek nich. Przez cały czas przygotowania próbki, certyfikowany patolog medyczny będzie zaangażowany w celu zapewnienia, że procedura jest zakończona dokładnie, a także do oceny jakości.

Po zakończeniu próbek są one przechowywane w bankach tkanek. Przydatne zapisy, takie jak informacje demograficzne i kiedy tkanka została pobrana lub zachowana, powinny być przechowywane, ponieważ mogą być przydatne dla zespołu badawczego. Inne krytyczne informacje, które powinny być przechowywane obejmują podpisane formularze zgody i dokumenty prawne związane z biopróbkami, ponieważ mogą one wpłynąć na użyteczność biopróbek w badaniach i próbach klinicznych.

Zastosowanie

Bloki tkankowe zatopione w parafinie mają wiele zastosowań w badaniach. Te bloczki tkankowe są często używane w immunohistochemii, gdzie wycinki tkanek są montowane na szkiełku podstawowym. Sekcje te są następnie kąpane w roztworze zawierającym przeciwciała, które wiążą się z białkami i strukturami. Barwienie może być również wykonane, aby pomóc w wizualizacji przeciwciał, co pokazuje lokalizację struktur, które są obecne w próbce. Informacje te mogą mieć decydujące znaczenie w diagnozowaniu chorób takich jak choroba Alzheimera czy nowotwory. Informacje uzyskane w formie immunohistochemii są również istotne dla wielu projektów nowotworowych, które są obecnie wykonywane w laboratoriach. Niektóre z obszarów terapeutycznych, w których próbki tkanek są powszechnie stosowane, to:

1. Immunologia – odpowiedzi układu odpornościowego są analizowane zarówno w stanie chorym, jak i zdrowym. Badanie próbek tkanek pobranych od pacjenta z chorobą autoimmunologiczną pomaga określić przyczynę i opracować terapię dla osób dotkniętych chorobą.

2. Hematologia – bloki tkanek zatopione w parafinie są niezbędne w badaniu różnych zaburzeń krwi i zaburzeń pokrewnych. Hematologia jest kluczową dziedziną, która pomogła w odkryciu wielu lekarstw na choroby związane z krwią i jej składnikami. Niektóre badania, które są związane z tą dziedziną obejmują badania szpiku kostnego, które mogą obejmować genetykę, toksykologię i regenerację tkanek.

3. Onkologia – bloki tkanek zatopionych w parafinie są ważne w onkologii, ponieważ zachowane tkanki nowotworowe mają charakterystyczne morfologie, które nie są obecne w innych tkankach. Zespoły badawcze często wykorzystują te próbki do poszukiwania białek, które mogą pomóc w diagnozie i ocenie choroby. Tkanki nowotworowe utrwalone parafiną w formalinie (FFPE) generalnie powinny mieć 60% zawartości guza.

4. Porównawcze – istnieją również bloki tkanek utrwalonych w parafinie, które są zdrową tkanką pobraną od zdrowych dawców. Tkanki te są wykorzystywane do celów porównawczych i są również ważne dla badań i rozwoju.

Wady

W blokach tkanek zatopionych w parafinie proces utrwalania wymaga zwykle użycia formaliny lub formaldehydu, które denaturują białka znajdujące się w próbce tkanki. Może to spowodować, że białka będą niewidoczne dla przeciwciał, które są specjalnie opracowane do ich wykrywania. Aby to zrekompensować, opracowano techniki odzyskiwania antygenów, które umożliwiają odzyskanie białek, DNA i RNA z tych bloków tkanek. Pomaga to otworzyć ogromne archiwum zachowanego i opisanego materiału do badań biochemii i biologii molekularnej.

Wniosek

Jakość zatopionych w parafinie bloków tkankowych jest kluczowa dla prac wykorzystujących te próbki jako źródło białek, DNA i RNA. Wynika to z faktu, że nawet najlepiej zachowana tkanka będzie zawierała częściowo zdegradowane, nieaktywne białka, DNA i RNA.

.