Usługa ChIP-seq
Imprecypitacja chromatyny (ChIP), klasyczna metoda eksperymentalna służąca do badania interakcji między białkiem a DNA, jest szeroko stosowana w pokrewnych dziedzinach, takich jak modyfikacja histonów i ekspresja genów regulowana przez określone czynniki transkrypcyjne. Wraz z rozwojem i dojrzałością technologii NGS, sekwencjonowanie ChIP (ChIP-seq), stanowiące integrację eksperymentów immunoprecypitacji chromatyny z wysokowydajnym sekwencjonowaniem, umożliwia wydajne i dokładne badanie miejsc wiążących białka w całym genomie. Ponadto miejsca wiązania DNA związane z wyspecjalizowanymi białkami mogą być porównywane w różnych typach komórek i tkanek, ponieważ żywe komórki wywodzą się z kompleksów białko-DNA.
Intro to ChIP Sequencing
ChIP-seq, podobnie jak RNA-seq, brzmi tajemniczo i skomplikowanie, ale tak nie jest. Oto łagodne wprowadzenie do tematu, które obejmuje podstawy eksperymentu, sposób przetwarzania danych i rodzaje rzeczy, które można z nimi zrobić.
Przykładowa wskazówka
| Serwis | Typ próbki | Minimalna ilość | Minimalne stężenie | Jakość |
|---|---|---|---|---|
| ChIP-seq | DNA | 10ng | 1 ng/µL | Fragmentowane do 100-300bp |
*Pomiar stężenia za pomocą Qubit jest wysoce zalecany.
*Proszę podać wyniki Bioanalizatora dla próbki, jeśli są dostępne.
*Proszę dostarczyć DNA pochodzący z ChIP w wodzie wolnej od nukleazy. W przypadku wykrycia RNazy podczas pracy z chipem DNA w naszym Bioanalizatorze 2100, koszt oczyszczenia zanieczyszczeń spowodowanych przez RNazę zostanie naliczony.
Service workflow
Analysis pipeline (general purpose)
Schematy analizy i analizy.