Wyświęcony na kapłana w 1844 roku, Ojciec Seelos służył w różnych parafiach na Wschodnim Wybrzeżu i Środkowym Zachodzie jako członek wspólnoty Redemptorystów w Stanach Zjednoczonych. Oprócz wychowywania seminarzystów przez kilka lat, spędził on także część swojego kapłaństwa podróżując po Stanach Zjednoczonych, głosząc misje parafialne. Był znakomitym kaznodzieją, a jego radosna osobowość pomogła wielu ludziom odnaleźć drogę powrotną do sakramentu spowiedzi. Ojciec Seelos spędzał niekończące się godziny w konfesjonale i tysiące ludzi doświadczyło tam Bożego miłosierdzia dzięki jego łagodności. Ojciec Seelos podkreślał znaczenie codziennej modlitwy i potrzebę nadania jej priorytetu nawet bardziej niż zwykle w czasach, kiedy jesteśmy zajęci, stoimy w obliczu trudnych pokus lub czujemy się słabi w wierze.
Podczas swoich podróży, w latach 60-tych XIX wieku głosił kazania w parafiach diecezji Toledo, w tym: Saint Patrick Historic Parish w Toledo, Saint Francis de Sales Parish w Toledo, Sacred Heart Parish w Shelby i Holy Trinity Parish w Bucyrus. W 1866 roku, został proboszczem parafii Świętej Marii Wniebowziętej w Nowym Orleanie, gdzie skupił swoją posługę na ubogich. W tym czasie w Nowym Orleanie wybuchła epidemia żółtej gorączki. Ojciec Seelos zaraził się śmiertelnym wirusem podczas posługi ubogim. Zmarł 4 października 1867 roku w wieku 48 lat. Chociaż nie został jeszcze kanonizowany jako święty, papież Jan Paweł II ogłosił go „błogosławionym” w 2000 roku.
Podczas mszy ogłaszającej Ojca Seelosa „błogosławionym”, papież Jan Paweł II powiedział:
W różnych miejscach, w których pracował, Ojciec Franciszek Ksawery wnosił swój entuzjazm, ducha poświęcenia i gorliwość apostolską. Opuszczonym i zagubionym głosił orędzie Jezusa Chrystusa, „źródło wiecznego zbawienia” (Hbr 5,9), a w godzinach spędzonych w konfesjonale przekonywał wielu do powrotu do Boga. Dziś bł. Franciszek Ksawery Seelos zaprasza członków Kościoła do pogłębienia zjednoczenia z Chrystusem w sakramentach pokuty i Eucharystii. Za jego wstawiennictwem niech wszyscy, którzy pracują w winnicy dla zbawienia ludu Bożego, będą zachęcani i umacniani w swoim zadaniu.