Głęboki w pustyni Chihuahuan, obszar wokół El Capitan składa się z chropowatych gór i wiatrem zmiecione Salt Flat. W rezultacie, większość obecności rdzennych Amerykanów w okolicy była skupiona około 3 mil na południowy wschód od El Capitan, na obszarze zwanym obecnie Pine Springs. Oaza źródeł, wycieki i roślinność, obszar ten wykazuje dowody (mescal wysypisk, petroglify, artefakty, itp.) ludzkiej okupacji przez kilka wieków. Ostatnio obszar ten był sezonowym domem dla band Apaczów Mescalero, którzy, stale spychani na południe przez zaciekle ekspansjonistycznych Komanczów w XVIII wieku, wykorzystywali swoją lokalną wiedzę o źródłach i innych rzadkich zasobach, aby utrzymać się w surowym środowisku aż do XIX wieku, kiedy to anglosaska ekspansja i osadnictwo położyły kres ich delikatnie zrównoważonemu sposobowi życia.
Podczas gdy sporadyczne hiszpańskie ekspedycje, takie jak ta Antonio de Espejo w 1582 roku, zbliżyły się do okolic El Capitan, stała obecność Anglo-Europejczyków na tym obszarze datuje się od późnych lat czterdziestych XIX wieku, kiedy to region ten oficjalnie stał się częścią Stanów Zjednoczonych po zwycięstwie Amerykanów w Wojnie Meksykańsko-Amerykańskiej. Chcąc znaleźć odpowiedni szlak z San Antonio do El Paso, a w końcu do odległych terytoriów amerykańskich na wybrzeżu Pacyfiku, wiele ekspedycji zapuściło się na gorące, suche i niebezpieczne ziemie na zachód od rzeki Pecos, mając nadzieję na znalezienie potencjalnej trasy dla wozów z wystarczającą ilością drewna i wody, aby umożliwić stałą podróż. Jedna z ekspedycji, dowodzona przez agenta indiańskiego Roberta S. Neighborsa, dotarła do El Paso w 1849 roku dzięki trudnej podróży, która wymagała przekraczania i przeprawiania się przez rzeki Pecos i Diabelską, a następnie przetrwania długiego, suchego odcinka od Gór Davisa do El Paso. Zniechęcona perspektywą powrotu tą samą drogą, grupa zamiast tego wyruszyła na wschód od El Paso w kierunku zbiorników Hueco i przełęczy Guadalupe, którą mieli nadzieję podążać do ustalonej przeprawy przez rzekę Pecos w pobliżu współczesnej granicy Teksasu i Nowego Meksyku, od dawna używanej przez Meksykanów i rdzennych Amerykanów. Udało im się dotrzeć do Pecos, Neighbors szybko zszedł z rzeki i wrócił do San Antonio, gdzie zameldował swoim przełożonym, że ta trasa oferuje dobrą wodę w Hueco Tanks, dobre drewno w pobliżu gór i łatwą drogę przez przełęcz Guadalupe do Pecos. Ta droga, która stała się znana jako „górna” droga, aby odróżnić się od oryginalnej „dolnej” drogi przez Fort Davis i w górę Rio Grande do El Paso, szybko stała się popularna wśród kupców i emigrantów, a ich długie pociągi wozów i mułów przejeżdżały w pobliżu ponurego oblicza El Capitan. Ruch ten wzrósł w 1858 roku, kiedy dyliżans Butterfielda zaczął używać górnej drogi między El Paso a brodem na Pecos zwanym Pope’s Crossing, od nazwiska Johna Pope’a, oficera armii, który dwa lata wcześniej dokonał pomiarów przeprawy. Korzystając z dostępnej wody i drewna, dyliżanse zbudowały stację w Pinery, później nazwaną Pine Springs, 3 mile na południowy wschód od El Capitan. Chociaż stacja ta działała tylko rok, zanim trasa została przeniesiona na południe i objęta ochroną fortów Stockton i Davis, stacja Pinery była nadal używana przez żołnierzy, frachtowców i emigrantów jeszcze długo później.
W tym okresie El Capitan był świadkiem Wojny o Sól w El Paso, gwałtownej walki między meksykańsko-amerykańskimi mieszkańcami i angielskimi biznesmenami o dostęp do słonych równin rozciągających się na zachód od podstawy góry. Od dawna znane Apaczom, solniska zostały po raz pierwszy odkryte przez Europejczyków w 1692 roku przez ekspedycję Diego de Vargas. Szybko stały się ważnym lokalnym zasobem, pokolenia Meksykanów, a później Meksykanów-Amerykanów, pokonywały gorący, niebezpieczny, czterodniowy szlak z San Elizario nad Rio Grande do Gór Hueco, a następnie na wschód w kierunku El Capitan, aby napełnić swoje wozy cenną solą. Wszystko to zmieniło się pod koniec lat 40-tych XIX wieku, kiedy w regionie zaczęli pojawiać się coraz liczniej Anglicy. Podczas gdy meksykańskie prawo i tradycja uznawały solniska za własność komunalną, tradycja amerykańska uważała je za ziemie nieodebrane, do których każdy obywatel mógł rościć sobie prawo i kupować je jako własność prywatną. W latach 70. XIX wieku próby przejęcia słonych równin przez miejscowych biznesmenów spotkały się z gwałtownym sprzeciwem mieszkańców, dla których darmowa sól była ważnym uzupełnieniem regionalnej gospodarki rolnej i hodowlanej. Konflikt przybrał na sile w grudniu 1877 roku, kiedy to Charles Howard, który próbował wysuwać roszczenia do solnisk, oraz dwóch jego współpracowników zostało zamordowanych przez rozwścieczony tłum. Szybko doprowadziło to do powszechnej przemocy wobec miejscowych rodzin meksykańsko-amerykańskich, co skłoniło wielu z nich do ucieczki na południe od Rio Grande. Zanim opadł kurz, solniska zostały przejęte, a lokalni mieszkańcy zostali zmuszeni do płacenia za sól, która przez wieki była za darmo.
Do wczesnych dekad XX wieku, droga o każdej pogodzie została zbudowana pomiędzy El Paso i Carlsbad, Nowy Meksyk. Oddana do użytku w 1928 roku jako U.S. Highway 62, droga ta przyniosła nowe pokolenie odwiedzających ten obszar, szczególnie po otwarciu pobliskiego Parku Narodowego Carlsbad Caverns w 1930 roku. Dziesiątki lat przed utworzeniem Parku Narodowego Gór Guadalupe, podróżujący samochodami i autobusami już zatrzymywali się na przydrożnych przystankach, aby podziwiać strome zbocza El Capitan, robić zdjęcia i pisać krótkie wiadomości na odwrocie pocztówek z imponującym obliczem góry. W tym okresie, ziemia, która obejmowała El Capitan była własnością Jamesa Adolphusa Williamsa, którego dom Williams Ranch wciąż stoi na terenie parku na zachód od góry. Po kilku niepowodzeniach gospodarczych, Williams sprzedał ziemię w 1941 roku sędziemu J.C. Hunterowi z Van Horn w Teksasie, bogatemu nafciarzowi i wczesnemu działaczowi ochrony przyrody, którego Ranczo Guadalupe Mountains ostatecznie obejmowało 75 000 akrów ziemi w Guadalupes, w tym część Kanionu McKittrick. Wczesny orędownik utworzenia parku w celu ochrony południowych Guadalupes, Hunter prowadził kampanię przez kilka lat, aż do swojej śmierci w 1945 roku. Dziedzicząc pragnienie ojca, by zobaczyć ten obszar chroniony, zarówno ze względu na jego malownicze piękno, jak i geologiczne znaczenie, syn Huntera, J.C. Hunter, Jr, pracował z urzędnikami Służby Parków Narodowych, by skonstruować umowę, która umożliwiłaby Służbie Parków zakup ziemi do użytku jako park narodowy. Zmuszony do przejścia przez męczącą rękawicę stanowych i federalnych ustawodawców, urzędników parku i inżynierów drogowych, a także właścicieli nieruchomości i lokalnych ranczerów, darowizna Huntera, która obejmowała El Capitan i Guadalupe Peak, została ostatecznie przekazana Służbie Parku w 1969 roku. Trzy lata później, Park Narodowy Gór Guadalupe został oficjalnie otwarty, umożliwiając publiczny dostęp do tego obszaru.