Gen CD40LG dostarcza instrukcji do wytwarzania białka zwanego ligandem CD40, które znajduje się na powierzchni komórek układu odpornościowego znanych jako limfocyty T. Ligand CD40 przyłącza się, jak klucz w zamku, do swojego białka receptorowego, CD40, które znajduje się na powierzchni komórek układu odpornościowego znanych jako komórki B. Komórki B są zaangażowane w produkcję białek zwanych przeciwciałami lub immunoglobulinami, które pomagają chronić organizm przed infekcjami. Istnieje kilka klas przeciwciał, a każda z nich pełni inną funkcję w układzie odpornościowym. Komórki B są w stanie dojrzewać do komórek produkujących immunoglobulinę M (IgM) bez żadnych sygnałów z innych komórek. Aby komórki B mogły dojrzewać do komórek produkujących przeciwciała innej klasy, receptor CD40 musi wejść w interakcję z ligandem CD40. Kiedy te dwa białka są połączone, uruchamiają serię sygnałów chemicznych, które instruują komórkę B, aby zaczęła wytwarzać immunoglobulinę G (IgG), immunoglobulinę A (IgA) i immunoglobulinę E (IgE).
Ligand CD40 jest również niezbędny komórkom T do interakcji z innymi komórkami układu odpornościowego i odgrywa kluczową rolę w różnicowaniu komórek T (proces, w którym komórki dojrzewają do pełnienia określonych funkcji).