GO Terms Classifications Counter

CateGOrizer, wcześniej znany jako „GO Terms Classifications Counter”, jest darmowym narzędziem internetowym dla użytkowników do wsadowej analizy zbiorów danych terminów GO pod kątem klas GO, które reprezentują. Jedną z użytecznych cech Ontologii Genów (GO) jest to, że pomaga ona opisać podstawowe hierarchie terminów i relacje między terminami w kontekście biologii. Zwykle jest to trudne zadanie, aby uzyskać jasny obraz tego, jak zestaw terminów GO jest reprezentowany przez kategorie genów GO. To narzędzie internetowe upraszcza proces rozumowania baz danych poprzez grupowanie i kategoryzowanie klas GO względem danych metod klasyfikacji takich jak GO-Slim, wykorzystując wstępnie obliczone relacje terminów oparte na przechodnim zamknięciu bazy danych GO. Narzędzie to składa się z zestawu programów perl CGI połączonych z systemem MySQL DBMS, który przechowuje dane DAG terminów GO.

	INTRODUCTION: Batch analysis of GO annotations for gene function groups is a useful part ofhigh-throughput microarray or EST data analysis.This utility is for users to find out the occurrences of their GO terms within eachof the pre-defined set of parent/ancestor GO terms. Program pobiera dane wejściowe terminów GO (np. GO:0007067) w formacie listy lub niesformatowanego pliku tekstowego, wykonuje klasyfikację krok po kroku względem jednej z dostępnych metod GO slim, takich jak GO_slim, GOA, EGAD, MGI_GO_slim, GO-ROOT, itp. według wyboru użytkownika, względem jednej z własnych metod klasyfikacji, a następnie zwraca wyniki na stronie internetowej (jeśli trwa to zbyt długo, wysyła użytkownikowi e-mail z linkiem do wyników). Wyniki zawierają tabelę zawierającą wszystkie ostateczne liczby i procenty, wraz z wykresem kołowym.
	USŁUGI: Korzystanie z narzędzia jest tak proste, jak wykonanie następujących trzech kroków: Krok 3: Count occurrences of GO terms in each ancestral class Samouczek wideo (japoński)
	PYTANIA I ODPOWIEDZI: W celu uzyskania informacji na temat prawidłowego korzystania z tego narzędzia i związanych z nim pytań, zapoznaj się z listą często zadawanych pytań (FAQ). Jeśli masz jakiekolwiek pytanie, które nie jest objęte tym FAQ, proszę nie wahaj się dać nam znać.Wszystkie opinie na temat problemów i sugestie dotyczące ulepszenia narzędzia są doceniane.
	PUBLIKACJE: Zhi-Liang Hu, Jie Bao and James M. Reecy (2008) „CateGOrizer: A Web-Based Program to Batch Analyze Gene Ontology Classification Categories”. Online Journal of Bioinformatics. 9 (2):108-112. Cytaty Google: 244 do 2020 Zhi-Liang Hu, Jie Bao and James M. Reecy (2007). „A Gene Ontology (GO) Terms Classifications Counter”. Plant & Animal Genome XV Conference, San Diego, CA, January 13-17, 2007.

.