Johann van Beethoven był synem Marii Józefy Bal (ślub 1733) i Lodewijka lub Ludwiga van Beethovena (1712-1773; Nie mylić ze słynnym synem Johanna o tym samym imieniu), który prawdopodobnie urodził się w mieście Mechelen lub w jego pobliżu, w habsburskich Niderlandach (obecnie we Flandrii, w Belgii), i zanim w 1733 roku osiadł w Bonn, służył jako muzyk w kilku gminach w Mechelen i okolicach, gdzie pracował jako muzyk na dworze księcia-arcybiskupa-elektora Kolonii Klemensa Augusta Bawarskiego, awansując w 1761 roku na kapelmistrza. Johann van Beethoven również wykazywał talent muzyczny i w 1764 r. dołączył do dworu, głównie jako śpiewak. Oprócz śpiewu (jego gama, choć zwykle określana jako tenor, mogła obejmować alt, a nawet wyższe rejestry) grał na skrzypcach i cytrze, a także grał i uczył się gry na ówczesnych instrumentach klawiszowych, takich jak klawesyn i klawikord.
Swoją przyszłą żonę, Marię Magdalenę Keverich (1746-1787), poznał podczas podróży do Ehrenbreitstein. Była ona córką głównego kucharza Johanna IX Philippa von Walderdorffa, arcybiskupa-elektora Trewiru, którego dwór tam się znajdował, i miała powiązania rodzinne w orkiestrze dworskiej w Bonn. Keverich owdowiała już w wieku dziewiętnastu lat. Ona i Johann pobrali się 12 listopada 1767 r. w kościele katolickim św. Remigiusza w Bonn. Mieli siedmioro dzieci, z których troje dożyło wieku dorosłego:
- Ludwig Maria van Beethoven (2 kwietnia 1769 – 6 kwietnia 1769)
- Ludwig van Beethoven (16 grudnia 1770 w Bonn, Kurköln – 26 marca 1827)
- Kaspar Anton Karl van Beethoven (8 kwietnia 1774 – 15 listopada 1815)
- Nikolaus Johann van Beethoven (2 października 1776 – 12 stycznia 1848)
- Anna Maria Franziska van Beethoven (23 lutego 1779 – 27 lutego 1779)
- Franz Georg van Beethoven (17 stycznia 1781 – 16 sierpnia 1783)
- Maria Margarete Josepha van Beethoven (5 maja 1786 – 26 listopada 1787)
Johann dostrzegł talent Ludwiga i został jego pierwszym nauczycielem. Był jednak, według wielu świadków, ojcem nadużywającym alkoholu. „Niewiele było dni, kiedy nie był bity, aby zmusić go do gry na fortepianie” – wspominał jeden z przyjaciół Ludwiga z dzieciństwa. Radca dworu donosił, że Johann czasami zamykał Ludwiga w piwnicy. Gdy Ludwig grał słabo, Johann wykrzykiwał, że to wstyd dla rodziny. Johann był alkoholikiem, a jego sytuacja pogorszyła się po śmierci Marii w 1787 roku, kiedy to rodzina coraz bardziej polegała na młodym Ludwigu. W 1789 roku 18-letni Ludwig uzyskał nakaz, na mocy którego połowa pensji Johanna została mu przekazana na utrzymanie rodziny.
Johann zmarł w 1792 roku, niedługo po tym, jak Ludwig przeniósł się do Wiednia, aby studiować u Josepha Haydna. Jego pracodawca, elektor, napisał sardonicznie do przyjaciela: „Wpływy z akcyzy na alkohol poniosły stratę z powodu śmierci Beethovena.”
.