- Primary Databases of Empirically Determined 3-D Models
- Related Structural Databases
- Structural Classification Databases
- Specialized Structural Databases
- Databases of Theoretically Determined 3-D Models
- Primary Databases of Empirically Determined 3-D Models
- Powiązane (pochodne) strukturalne bazy danych
- Bazy danych klasyfikacji strukturalnej
- Specjalistyczne bazy danych strukturalnych
- Następujące bazy danych koncentrują się na określonych rodzinach białek lub innych makromolekułach biologicznych i zawierają informacje strukturalne pochodzące z wwPDB.
- Bazy danych teoretycznie wyznaczonych modeli 3-D
- Następujące bazy danych zawierają modele 3-D białek obliczone metodą modelowania porównawczego. Zanim rozpoczniesz swój własny projekt modelowania porównawczego, wypróbuj te bazy danych.
- open in new windowRCSB PDB (USA)
- MSD-.EBI (Europa)
- open in new windowPDBj (Japonia)
| open in new windowBMRB |
BioMagResBank. Repozytorium danych ze spektroskopii NMR na biomolekułach. BMRB jest częścią wwPDB. Dane o współrzędnych i ograniczeniach są udostępniane przez PDB, podczas gdy inne dane spektralne NMR (takie jak przesunięcia chemiczne, stałe sprzężenia i parametry relaksacji) są archiwizowane przez BMRB.
|
|
|---|---|---|
| open in new windowCSD |
The Cambridge Structural Database. Komercyjne repozytorium struktur krystalicznych małych cząsteczek organicznych, w tym krótkich polipeptydów i polisacharydów (licencja WIS na CSD)
|
|
| open in new windowNDB |
Repozytorium informacji strukturalnej o kwasach nukleinowych. Struktury są archiwizowane zarówno w wwPDB jak i w NDB.
|
|
| open in new windowwwPDB |
Światowy Bank Danych o Białkach (wwPDB) jest uznanym na całym świecie pojedynczym repozytorium wszystkich opublikowanych makrocząsteczkowych struktur trójwymiarowych wyznaczonych empirycznie. Dostęp do archiwum PDB można uzyskać za pośrednictwem następujących portali: |
|
| Alerty | ||
| open in new windowPDBalert | Automatyczny system, który powiadamia użytkowników, gdy tylko struktura PDB o homologii do interesującego ich białka staje się dostępna | |
| soaPDB | Narzędzie webowe do generowania i organizowania zapisanych wyszukiwań PDB, w tym automatyczne alerty e-mail | |
open in new windowSeqAlert  |
Automatyczny system, który powiadamia użytkowników, gdy tylko struktura PDB z homologią do interesującego ich białka staje się dostępna | |
| . | ||
| Jena Library | Baza danych ma na celu integrację informacji dotyczących modeli strukturalnych w PDB z naciskiem na wizualizację i analizę. |
|---|---|
| open in new windowMMDB | Baza danych Entrez 3-D struktury NCBI. NCBI połączyło dane strukturalne z informacjami bibliograficznymi, z sekwencyjnymi bazami danych oraz z taksonomią NCBI. Zawiera narzędzia do wizualizacji sekwencji i struktury (Cn3D). |
| open in new windowOCA |
OCA, przeglądarkowa baza danych dla struktury/funkcji białek. OCA integruje dane z kilku otwartych w nowym oknie źródeł z naciskiem na informacje sekwencja-struktura-funkcja. |
| open in new windowPDBsum | PDBsum jest obrazkową bazą danych, która zapewnia natychmiastowy przegląd zawartości każdej struktury 3D zdeponowanej w PDB. Pokazuje cząsteczki tworzące strukturę (tj. łańcuchy białkowe, DNA, ligandy i jony metali) oraz schematy ich oddziaływań. |
| PDBWiki | Opisana przez społeczność baza wiedzy biologicznych struktur molekularnych i związanych z nimi informacji. |
| open in new windowProteopedia |
Współpracująca wiki encyklopedia białek i innych struktur makromolekuł. Proteopedia zawiera stronę dla każdego wpisu w wwPDB, jak również interaktywne strony stworzone przez użytkowników, które mają na celu przedstawienie informacji o strukturze/funkcji w sposób przyjazny dla szerokiej publiczności naukowej. Proteopedia wykorzystuje łatwe w użyciu narzędzie do tworzenia scen. |
| CATH |
Hierarchiczna baza danych klasyfikacji
|
|---|---|
| open in new windowSCOP |
Hierarchiczna baza danych klasyfikacji
|
| open in new windowThe Dali Database |
Klasyfikacja oparta na dopasowaniu struktura-structure alignment of proteins
|
| TOPS |
Baza danych topologii białek
|
| open in new windowAmyPDB | Białka amyloidowe, | |
|---|---|---|
| open in new window Przeciwciała | Cytochrom P450 | |
| open in new windowCAZy | Węglowodany aktywne enzymy | |
| CyBase | Białka cykliczne | |
| otwórz się w nowym oknieCYPED | ||
| otwórz się w nowym oknieEC→PDB | Enzymes | |
| open in new windowESTHER | Hydrolazy alfa/beta homologiczne do cholinesteraz | |
| open in new window | ||
| open in new windowEyeSite | Białka funkcjonujące w oku | |
| open in new windowGLYCO3D | Carbohydrates, Lektyny, Glikozylotransferazy, Gag binding proteins | |
| GlycoSuite | Glycans | |
| glycoSCIENCE | ||
| open in new windowGPCRDB | G protein-receptory sprzężone z białkiem G | |
| otwórz nowe oknoHIV Structural Database | ||
| otwórz nowe oknoHMPDb | Human mitochondrial proteins | |
| open in new windowHmrbase | Hormony | |
| open in new windowHomeodomain Resource | ||
| open in new windowKNOTIN | ||
| open in new windowLS-.SNP/PDB | Annotowane niesynonimowe SNPs mapowane do struktur PDB | |
| MEROPS | Peptydazy | |
| MDB | Metaloproteiny | |
| MemPro | Białka błonowe | |
| MPDB | Białka błonowe Białka błonowe | |
| RNA FRABASE | ||
| SAAPdb | Mapowanie SNPs i patogennych odchyleń (PDs) do białek | Mapping SNPs and pathogenic odchyleń (PDs) do danych strukturalnych białek |
| SDAP | Białka alergenne | |
| EF-Ręka | ||
Bazy danych teoretycznie wyznaczonych modeli 3-D
Następujące bazy danych zawierają modele 3-D białek obliczone metodą modelowania porównawczego. Zanim rozpoczniesz swój własny projekt modelowania porównawczego, wypróbuj te bazy danych.
Automatyczne obliczenia z ModPipe
Modele struktur z różnych zasobów (CSMP, JCSG, MCSG, NESG, NYSGXRC, JCMM, ModBase, SWISS-MODEL Repository)
Automatyczne obliczenia z SWISS_MODEL
.