Prognoza dla pacjentów z MG jest dobra. Często najlepiej jest nie leczyć łagodnych przypadków MG. W leczeniu konieczne jest unikanie leków, które mogą pogarszać przekaźnictwo nerwowo-mięśniowe, takich jak antybiotyki aminoglikozydowe, antybiotyki chinolonowe, beta-blokery, chlorochina, leki przeciwarytmiczne, blokery kanału wapniowego, niektóre leki przeciwdrgawkowe oraz należy unikać dożylnego podawania jodowanego kontrastu.
MG charakteryzuje się zmiennym przebiegiem, przy czym na częstość występowania diplopii i ptoz wpływają czynniki środowiskowe, emocjonalne i fizyczne, takie jak jasne światło słoneczne, stres, choroby wirusowe, menstruacja, ciąża itp. Spontaniczna remisja może wystąpić u każdego pacjenta i utrzymywać się przez wiele lat. W badaniu historii naturalnej uogólnionej MG wśród 168 pacjentów (ze średnią obserwacji 12 lat), 14% doświadczyło całkowitej remisji.
Pacjenci z łagodną do umiarkowanej miastenią oczną są zwykle początkowo leczeni doustnymi lekami antycholinesterazowymi, z których najczęściej stosowany jest Mestinon (pirydostygmina). Nie przeprowadzono żadnych randomizowanych badań klinicznych z użyciem tych środków, a leczenie to jest często nieskuteczne, szczególnie w zakresie ustępowania diplopii. Następnie rozpoczyna się leczenie immunosupresyjne, a lekiem z wyboru jest zwykle prednizon. W małym kontrolowanym badaniu lek ten wykazał większą skuteczność niż pirydostygmina. Steroidoterapia jest kontrowersyjna, ale wyniki innego badania sugerują, że prednizon zmniejsza progresję do uogólnionej MG. Nie ma jednego zalecanego schematu dawkowania, ze względu na działania niepożądane powszechnie związane z przewlekłą terapią kortykosteroidami oraz trudności w odzwyczajaniu pacjentów od stosowania steroidów bez zaostrzenia objawów. Odpowiedź na terapię prednizonem jest zmienna.
Dodatkowo pacjenci z MG powinni być badani pod kątem obecności grasiczaków, a w przypadku ich wykrycia powinni być poddani zabiegowi chirurgicznemu w celu usunięcia tego schorzenia. Profilaktyczna tymektomia jest kontrowersyjna, ale wykazano, że jest pomocna u młodych pacjentów z MG z ostrym przebiegiem choroby w ciągu 3 lat od jej wystąpienia, u pacjentów z powiększoną grasicą, dla których operacja jest mało ryzykowna, oraz u pacjentów z uogólnioną MG, którzy nie reagują na leczenie farmakologiczne.
Objawy oczne MG mogą być również korygowane za pomocą środków nieleczniczych. Ptoza może być skorygowana przez umieszczenie kul na okularach i taśmę do podnoszenia opadających powiek. Diplopia może być rozwiązana przez okluzję z oklejaniem oczu, soczewkami matowymi, okluzyjnymi soczewkami kontaktowymi lub po prostu przez umieszczenie nieprzezroczystej taśmy na części okularów. Również plastikowe pryzmaty (pryzmaty Fresnela) mogą być przymocowane do okularów diplopijnego pacjenta, pozwalając na wyrównanie widzenia z obu oczu w dotkniętym kierunku, ale są często problematyczne, jeśli stopień osłabienia mięśni, a tym samym niewspółosiowość oczu, często się zmienia.
.