Transport zwierząt drogą wodną jest bardzo starym sposobem transportu, ponieważ jest stosunkowo tani i bezpieczny, przy minimalnych stratach zwierząt. Drogi wodne były wykorzystywane do transportu żywych zwierząt i różnych towarów od czasów starożytnych, na przykład w starożytnym Egipcie i Imperium Rzymskim. Później wikingowie odnosili sukcesy w swoich podbojach, ponieważ zawsze mieli na pokładzie wyszkolone konie. Uważa się, że kolonizacja Ameryki była możliwa dzięki Hiszpanom, którzy również przywozili ze sobą wiele koni. Duńskie posiadłości na Karaibach w dużej mierze zawdzięczają swój sukces gospodarczy w latach 1820-1920 stałym dostawom tanich mułów i innych koniowatych z Ameryki Południowej. Muły były wykorzystywane do celów rolniczych oraz do pracy w młynach trzciny cukrowej. W XX wieku znaczna liczba zwierząt została przetransportowana do niemieckich i brytyjskich kolonii w Afryce Południowej. W czasie I i II wojny światowej zwierzęta były również transportowane drogą wodną; podjęto środki mające na celu spełnienie podstawowych wymagań fizjologicznych, a w długich podróżach zwierzętom towarzyszył lekarz weterynarii. Dzięki tym środkom ostrożności straty w transporcie były minimalne.