Choć często zaniedbywane, próbki rdzenia zawsze ulegają w jakimś stopniu degradacji w procesie wycinania rdzenia, obchodzenia się z nim i jego badania. Techniki nieniszczące są coraz bardziej powszechne, np. wykorzystanie skanowania MRI do charakteryzowania ziaren, płynów porowych, przestrzeni porowych (porowatości) i ich interakcji (stanowiących część przepuszczalności), ale tak kosztowne subtelności są prawdopodobnie marnowane na rdzeń, który został wytrzęsiony na nieresorowanej ciężarówce przez 300 km drogi gruntowej. To, co dzieje się z rdzeniami pomiędzy urządzeniem pobierającym a końcowym laboratorium (lub archiwum) jest często zaniedbywaną częścią prowadzenia dokumentacji i zarządzania rdzeniami.
Rdzenie są uznawane za ważne źródło danych i coraz więcej uwagi i troski poświęca się zapobieganiu uszkodzeniom rdzenia podczas różnych etapów jego transportu i analizy. Standardowym sposobem jest całkowite zamrożenie rdzenia za pomocą ciekłego azotu, który jest tanim źródłem. W niektórych przypadkach stosuje się również specjalne polimery, które zabezpieczają rdzeń przed uszkodzeniem.
Również próbka rdzenia, której nie można powiązać z kontekstem (gdzie się znajdowała, zanim stała się próbką rdzenia), traci wiele korzyści. Identyfikacja otworu wiertniczego oraz pozycja i orientacja („droga w górę”) rdzenia w otworze jest krytyczna, nawet jeśli otwór znajduje się w pniu drzewa – dendrochronolodzy zawsze starają się włączyć do swoich próbek powierzchnię kory, tak aby data ostatniego wzrostu drzewa mogła być jednoznacznie określona.
Jeśli te dane zostaną oddzielone od próbek rdzenia, odzyskanie ich jest generalnie niemożliwe. Koszt operacji rdzeniowania może wahać się od kilku jednostek monetarnych (dla rdzenia pobranego ręcznie z miękkiej sekcji gleby) do dziesiątek milionów jednostek monetarnych (dla rdzeni bocznych z odległego odwiertu morskiego o głębokości wielu kilometrów). Nieodpowiednie rejestrowanie takich podstawowych danych zrujnowało użyteczność obu typów rdzeni.
Różne dyscypliny mają różne lokalne konwencje rejestrowania tych danych, a użytkownik powinien zapoznać się z konwencjami obowiązującymi w danej dziedzinie. Na przykład, w przemyśle naftowym, orientacja rdzenia jest zwykle rejestrowana przez oznaczenie rdzenia dwoma podłużnymi kolorowymi smugami, z czerwoną po prawej stronie, gdy rdzeń jest pobierany i oznaczany na powierzchni. Rdzenie wycinane na potrzeby górnictwa mineralnego mogą mieć swoje własne, odmienne konwencje. Inżynieria lądowa i badania gleby mogą mieć swoje własne, odmienne konwencje, ponieważ ich materiały często nie są wystarczająco kompetentne, aby wykonać na nich trwałe oznaczenia.
Coraz bardziej powszechne staje się zatrzymywanie próbek rdzeni w cylindrycznych opakowaniach, które stanowią część sprzętu do cięcia rdzeni i wykonywanie oznaczeń na tych „wewnętrznych beczkach” w terenie przed dalszą obróbką i analizą w laboratorium. Czasami rdzeń jest transportowany z pola do laboratorium w takiej długości, w jakiej wyszedł z ziemi; innym razem jest cięty na standardowe długości (5m lub 1m lub 3 stopy) do transportu, a następnie ponownie montowany w laboratorium. Niektóre z systemów „inner barrel” mogą być odwrócone na próbce rdzenia, co powoduje, że w laboratorium próbka idzie „złą stroną do góry”, kiedy rdzeń jest ponownie składany. Może to skomplikować interpretację.
Jeśli w otworze wykonano pomiary petrofizyczne skał przyściennych, a pomiary te powtórzono na całej długości rdzenia i skorelowano oba zestawy danych, to prawie zawsze okaże się, że głębokość „zapisu” dla danego fragmentu rdzenia różni się pomiędzy dwoma metodami pomiarowymi. To, któremu zestawowi pomiarów należy wierzyć, staje się kwestią polityki klienta (w warunkach przemysłowych) lub kwestią sporną (w kontekście braku nadrzędnego autorytetu). Zapisanie, że istnieją rozbieżności, niezależnie od przyczyny, zachowuje możliwość skorygowania błędnej decyzji w późniejszym czasie; zniszczenie „nieprawidłowych” danych głębokościowych uniemożliwia skorygowanie błędu w późniejszym czasie. Każdy system przechowywania i archiwizacji danych i próbek rdzeni musi być zaprojektowany w taki sposób, aby można było zachować takie rozbieżne opinie.
Jeśli próbki rdzeni z kampanii są kompetentne, powszechną praktyką jest „slabowanie” ich – cięcie próbki na dwie lub więcej próbek wzdłuż – na dość wczesnym etapie przetwarzania laboratoryjnego, tak aby jeden zestaw próbek mógł być zarchiwizowany na wczesnym etapie sekwencji analizy jako ochrona przed błędami w przetwarzaniu. Powszechne jest „dzielenie” rdzenia na zestawy 2/3 i 1/3. Często zdarza się również, że jeden zestaw jest zatrzymywany przez głównego klienta, a drugi trafia do rządu (który często narzuca warunek takiej darowizny jako warunek uzyskania koncesji na poszukiwania/eksploatację). „Slabbing” ma również tę zaletę, że przygotowuje płaską, gładką powierzchnię do badania i testowania przepuszczalności profilu, z którą o wiele łatwiej się pracuje niż z typowo chropowatą, zakrzywioną powierzchnią próbek rdzeni, gdy są one świeżo po wyjęciu z korowarki. Fotografowanie powierzchni rdzeni surowych i „slabbed” jest rutynowe, często zarówno w świetle naturalnym jak i ultrafioletowym.
Jednostką długości czasami używaną w literaturze dotyczącej rdzeni dennych jest cmbsf, skrót od centymetrów poniżej dna morskiego.
.