Prezydentura i waśń z Jacksonem
Gdy druga kadencja prezydenta Monroe’a zbliżała się ku końcowi w 1824 roku, brakowało dobrych nastrojów wśród jego oficjalnych doradców, z których trzech – sekretarz stanu John Quincy Adams, sekretarz wojny John C. Calhoun i sekretarz skarbu William H. Crawford – dążyło do objęcia po nim urzędu. Kandydatami byli również Henry Clay, spiker Izby Reprezentantów, i generał Andrew Jackson. Calhoun został nominowany na wiceprezydenta. Z pozostałej czwórki Jackson otrzymał 99 głosów elektorskich na prezydenta, Adams 84, Crawford 41, a Clay 37; ponieważ nikt nie miał większości, decyzję podjęła Izba Reprezentantów, która w swoim wyborze ograniczyła się do trzech kandydatów, którzy otrzymali największą liczbę głosów. Clay, który przez lata zajmował cenzuralną postawę wobec Jacksona, oddał swój wpływ na Adamsa, którego wybór został zapewniony już na pierwszej karcie do głosowania. Kilka dni później Adams zaoferował Clayowi urząd sekretarza stanu, który ten przyjął. Zwolennicy Jacksona oskarżyli go o „korupcyjną umowę” i przekształcili kadencję Adamsa w czteroletnią kampanię mającą na celu zdobycie dla ich człowieka tego, co uważali za jego prawowite miejsce, prezydenturę.
Do tego momentu kariera Adamsa była niemal jednolicie udana, ale jego prezydentura (1825-29), podczas której kraj prosperował, była pod większością względów polityczną porażką z powodu zaciekłej opozycji Jacksonian. Adams ciężko pracował, wstawał między czwartą a szóstą rano i często przed śniadaniem wybierał się na spacer po mieście lub na kąpiel w rzece Potomac. Raz prawie utonął, gdy rękawy jego bluzki wypełniły się wodą i obciążyły go. Wiedział jednak, że nie jest człowiekiem z ludu. W swoim przemówieniu inauguracyjnym przyznał, że jest „mniej obdarzony waszym zaufaniem (…) niż którykolwiek z moich poprzedników”. Opowiadał się, wśród innych dalekowzrocznych propozycji, za utworzeniem narodowego uniwersytetu i narodowego obserwatorium astronomicznego; chciał, aby terytoria zachodnie były utrzymywane w zaufaniu przez rząd federalny i rozwijane stopniowo; proponował też szeroką rozbudowę dróg krajowych z pomocą federalną. Kongres na ogół pozostawał głuchy na jego inicjatywy.
W 1828 Jackson został wybrany na prezydenta ponad Adamsem, z 178 głosami elektorskimi do 83 Adamsa. To właśnie podczas administracji Jacksona rozwinęły się niemożliwe do pogodzenia różnice między jego zwolennikami a zwolennikami Adamsa, ci ostatni stali się znani jako Narodowi Republikanie, którzy, wraz z Anty-Masonami, byli prekursorami Whigów. Intensywna niechęć Adamsa do Jacksona i tego co reprezentował pozostała niezmieniona. Kiedy Harvard College w 1833 roku przyznał Jacksonowi tytuł honorowy, Adams odmówił wzięcia udziału w ceremonii w swojej alma mater. Oświadczył, że nie będzie „obecny, aby być świadkiem hańby, jaką jest przyznanie najwyższych zaszczytów barbarzyńcy, który nie potrafi napisać zdania gramatycznego i z trudem przeliterowuje własne imię.”
Adams przeszedł na prywatną emeryturę w 1829 roku w mieście Quincy w Massachusetts, ale tylko na krótki okres; w 1830 roku, wspierany w dużej mierze przez członków ruchu antymasońskiego (siły politycznej powstałej początkowo w opozycji do masonerii), został wybrany na członka krajowej Izby Reprezentantów. Kiedy zasugerowano mu, że przyjęcie tego stanowiska poniża byłego prezydenta, Adams odpowiedział, że nikt nie może być zdegradowany, służąc ludziom jako przedstawiciel w Kongresie lub jako selekcjoner swojego miasta. W Izbie Reprezentantów zasiadał od 1831 roku aż do śmierci w 1848 roku. Nie porzucił jednak nadziei na ponowny wybór na prezydenta – czy to jako kandydat Partii Antymasońskiej (w której był bardzo aktywny, dopóki partia ta miała możliwości polityczne), czy Narodowej Partii Republikańskiej, czy też unii obu tych partii, czy nawet późniejszej Partii Whigów – zawsze we własnym mniemaniu jako „człowiek całego narodu”. Stopniowo nadzieje te gasły.