Jednym z najskuteczniejszych sposobów zwalczania zgnilizny kłosów Cladosporium jest jak najwcześniejsze wykrycie jej obecności oraz zarządzanie środowiskiem, w którym kukurydza jest uprawiana i przechowywana. Pierwszym krokiem w ocenie, czy w ogóle mamy do czynienia z zgnilizną kłosów, jest badanie pól pod kątem obecności mikotoksyn, które powinno być przeprowadzane co dwa tygodnie, chociaż żadna mikotoksyna nie jest związana z C. herbarum. Pola, na których występują problemy, można scharakteryzować jako pola, na których ponad 10% kłosów zawiera grzyb na 10-20% ziarna. Zainfekowane kolby należy jak najszybciej zebrać, oczyścić w celu usunięcia cząstek grzyba, natychmiast wysuszyć do wilgotności 15% lub niższej, aby zahamować wzrost grzyba, oraz przechowywać w przewietrzanym pomieszczeniu o wilgotności 13-14% w temperaturze od 35 do 40°F, aby zahamować rozmnażanie bezpłciowe i rozprzestrzenianie się grzyba. Te kontrole kulturowe mogą znacznie zmniejszyć straty plonów.
C. herbarum potrzebuje otworu, aby zainfekować swojego gospodarza, więc kontrole kulturowe, które zapobiegają zranieniu ziarna, zapobiegną infekcji nowych roślin. Insektycydy mogą być stosowane w odpowiednim czasie do chemicznego zwalczania omacnicy prosowianki i omacnicy prosowianki, które uszkadzają ziarniaki, umożliwiając przedostanie się inokulum do środka. Również kombajny powinny być odkażone i odpowiednio wyregulowane, aby zminimalizować uszkodzenia ziarniaków podczas zbiorów.
Innym, mniej skutecznym sposobem zarządzania tym, jaki procent upraw jest zainfekowany, jest sadzenie odmian odpornych i odrzucanie tych najbardziej podatnych. Warto jednak wspomnieć, że żaden mieszaniec nie jest odporny na wszystkie grzyby powodujące gnicie kłosów, a odmiany odporne nie są powszechnie dostępne, więc nawet jeśli dana odmiana jest odporna na gnicie kłosów Cladosporium, może być narażona na infekcję innym grzybem powodującym gnicie kłosów. Większe pokrycie łusek i mocniejsze okrywy nasienne utrudniają także zakażenie gospodarza. Płodozmian byłby prawdopodobnie skuteczną metodą kontroli kulturowej w celu wyeliminowania patogenu, ale wymagałby zastosowania się do niego przez wszystkich hodowców kukurydzy w danym okręgu, aby mieć jakikolwiek znaczący wpływ na poziom inokulum. Jeśli wszyscy plantatorzy kukurydzy nie byliby zsynchronizowani z płodozmianem, zarodniki z pobliskich pól byłyby po prostu przenoszone przez wiatr na inne pola i utrzymywałyby poziom inokulum na rozsądnym poziomie.
.