Una de las formas más eficaces de controlar la pudrición de la mazorca por Cladosporium es identificar su presencia lo antes posible y controlar el entorno en el que se cultiva y almacena el maíz. La exploración de los campos en busca de podredumbre de la mazorca, que debería hacerse cada dos semanas, y las pruebas de contaminación por micotoxinas son el primer paso para evaluar si hay o no podredumbre de la mazorca en general, aunque no hay ninguna micotoxina asociada a C. herbarum específicamente. Los campos problemáticos pueden caracterizarse por tener más del 10% de mazorcas que contienen el hongo en el 10-20% del grano. Las mazorcas infectadas deben cosecharse lo antes posible, limpiarse para eliminar las partículas de hongos, secarse inmediatamente hasta un 15% de humedad o menos para detener el crecimiento de los hongos, y almacenarse en un entorno aireado a un 13-14% de humedad entre 35 y 40 °F para detener la reproducción asexual y la propagación del hongo. Estos controles culturales pueden disminuir en gran medida la pérdida de rendimiento.
C. herbarum necesita una abertura para infectar a su huésped, por lo que los controles culturales que impiden que los granos se hieran evitarían la infección de nuevas plantas. Se pueden utilizar insecticidas a tiempo para controlar químicamente los gusanos de la mazorca y los barrenadores europeos del maíz que dañan los granos, permitiendo que el inóculo entre en ellos. Además, las cosechadoras deben ser desinfectadas y ajustadas adecuadamente para minimizar el daño a los granos durante la cosecha.
Otra forma menos efectiva de manejar qué porcentaje del cultivo está infectado es plantando variedades resistentes y descartando las más susceptibles. Sin embargo, cabe mencionar que ningún híbrido es resistente a todos los hongos que pudren las mazorcas y que las variedades resistentes no están ampliamente disponibles, por lo que aunque una variedad sea resistente a la podredumbre de la mazorca por Cladosporium, puede estar en riesgo de infección por otro hongo que pudra las mazorcas. Una mayor cobertura de la cáscara y una cubierta de semillas más fuerte también hacen que el huésped sea más difícil de infectar en primer lugar. La rotación de cultivos sería probablemente un método de control cultural eficaz para eliminar el patógeno, pero requeriría que todos los productores de maíz de un condado lo cumplieran para que hubiera un impacto significativo en los niveles de inóculo. Si todos los productores de maíz no estuvieran sincronizados con las rotaciones de cultivos, las esporas de los campos cercanos simplemente serían transportadas por el viento a otros campos y evitarían que los niveles de inóculo descendieran a niveles razonables.