Una de las pruebas más inusuales en el caso de asesinato de JonBenét Ramsey es la nota de rescate que se dejó, presumiblemente por quien la asesinó. El hallazgo de la nota fue lo primero que avisó a Patsy Ramsey de que su hija había desaparecido, pero era extraña por sí misma por varias razones. Es esencialmente la nota de rescate más larga de la historia, con dos páginas y media (la mayoría de las notas de rescate son rápidas y directas) y estaba llena de información extrañamente específica sobre los Ramsey, cosas que un extraño probablemente no sabría. También se escribió con materiales de la casa, lo que significa que un intruso había estado allí durante un buen rato componiéndola. Pero, ¿qué decía la nota de rescate de JonBenét?
La nota se lee casi como algo salido de una película, y el ex agente del FBI John E. Douglas ha especulado que la persona que la escribió tomó prestadas líneas de las películas Ransom y Speed. Está dirigida directamente a John Ramsey y se dirige específicamente a él en todo momento, además de pedir una cantidad de dinero muy particular: 118 mil dólares, la cantidad exacta que John Ramsey había recibido en una bonificación ese año. Estaba firmada S.B.T.C., que nadie ha descifrado todavía.
La nota comienza con el autor describiéndose como «un grupo de individuos que representan una pequeña facción extranjera» y asegurando a John Ramsey que JonBenét estaba «a salvo e ilesa», pero añadiendo «si quieres que vea 1997, debes seguir nuestras instrucciones al pie de la letra.» La nota tiene repetidas referencias a las instrucciones que debían llegar en algún momento entre las ocho y las diez de la mañana del día siguiente, pero nunca llegó ninguna llamada a la casa entre esas horas. El autor también afirma estar vigilando la casa y a la policía, e insiste en que si se avisa a alguien ajeno a la familia, JonBenét será asesinada. Sin embargo, el lenguaje de la nota es algo más florido que eso.
Cualquier desviación de mis instrucciones resultará en la ejecución inmediata de su hija. También se le negarán sus restos para un entierro apropiado. Los dos caballeros que vigilan a tu hija no te agradan especialmente, así que te aconsejo que no los provoques. Hablar con cualquier persona sobre su situación, como la Policía, el F.B.I., etc., hará que su hija sea decapitada. Si te pillamos hablando con un perro callejero, ella muere. Si alertas a las autoridades bancarias, ella muere. Si el dinero está marcado o manipulado de alguna manera, ella muere. Si se le escanea en busca de dispositivos electrónicos y si se encuentra alguno, ella muere. Puede intentar engañarnos, pero le advertimos que estamos familiarizados con las contramedidas y tácticas de las fuerzas del orden. Tienes un 99% de posibilidades de matar a tu hija si intentas ser más inteligente que nosotros. Siga nuestras instrucciones y tendrá un 100% de posibilidades de recuperarla.
El lenguaje es una de las cosas más extrañas de la nota. El secuestrador o los secuestradores aconsejan a John que descanse porque las instrucciones para entregar el dinero serán «agotadoras», y también se aseguran de decirle que traiga un «attaché» lo suficientemente grande para llevar el dinero. Y si JonBenét ya había fallecido en el momento en que se escribió la nota (la línea de tiempo puede ser un poco difícil de averiguar), entonces ¿por qué dejar una nota?
La nota termina con más declaraciones dirigidas directamente a John. Le dice que «no intente que le crezca el cerebro» (una línea de Speed) y que «use ese buen sentido común sureño que tiene». Aunque el autor de la nota aparentemente sabía lo suficiente sobre John Ramsey como para conocer el número exacto de su prima de ese año, no parece saber que no era sureño; nació en Nebraska y asistió a la escuela en Michigan.