- Baze de date primare de modele 3-D determinate empiric
- Baze de date structurale conexe
- Baze de date de clasificare structurală
- Baze de date structurale specializate
- Baze de date de modele 3-D determinate teoretic
- Baze de date de modele 3-D determinate teoreticD Models
- Primary Databases of Empirically Determined 3-D Models
- Baze de date structurale conexe (derivate)
- Baze de date de clasificare structurală
- Baze de date structurale specializate
- Următoarele baze de date s-au axat pe anumite familii de proteine sau alte macromolecule biologice și includ informații structurale derivate din wwPDB.
- Baze de date cu modele 3-D determinate teoretic
- Următoarele baze de date includ modele 3-D ale proteinelor calculate prin modelare comparativă. Înainte de a începe propriul dvs. proiect de modelare comparativă, încercați aceste baze de date.
- deschide într-o fereastră nouăRCSB PDB (SUA)
- MSD-.EBI (Europa)
- deschide în fereastră nouăPDBj (Japonia)
| deschidere în fereastră nouăBMRB |
BioMagResBank. Un depozit de date din spectroscopia RMN pe biomolecule. BMRB face parte din wwPDB. Coordonatele și datele de constrângere sunt publicate de PDB, în timp ce alte date spectrale RMN (cum ar fi deplasările chimice, constantele de cuplaj și parametrii de relaxare) sunt arhivate de BMRB.
|
||
|---|---|---|---|
| deschidere în fereastră nouăCSD |
Baza de date structurale Cambridge. Repertoriu comercial de structuri cristaline ale moleculelor organice mici, inclusiv polipeptide scurte și polizaharide (CSD cu licență WIS)
|
||
| deschide în fereastră nouăNDB |
Un repertoriu de informații structurale despre acizii nucleici. Structurile sunt arhivate atât în wwPDB, cât și în NDB.
|
||
| deschide în fereastră nouăwwPDB |
Banca mondială de date privind proteinele (wwPDB) este depozitarul unic, recunoscut la nivel internațional, al tuturor structurilor tridimensionale macromoleculare publicate, determinate empiric. Arhiva PDB poate fi accesată prin intermediul următoarelor portaluri: |
||
| Alerte | |||
| deschide în fereastră nouăPDBalert | Automat sistem care alertează utilizatorii de îndată ce o structură PDB cu homologie cu o proteină de interes devine disponibilă | ||
| soaPDB | Instrument web pentru generarea și organizarea de căutări PDB salvate, inclusiv alerte automate prin e-mail | ||
deschide într-o fereastră nouăSeqAlert  |
Sistem automat care alertează utilizatorii de îndată ce o structură PDB cu homologie cu o proteină de interes devine disponibilă | ||
| . | |||
| Biblioteca Jena | Baza de date are ca scop integrarea informațiilor privind modelele structurale din PDB, cu accent pe vizualizare și analiză. |
|---|---|
| deschide într-o fereastră nouăMMDB | Bază de date Entrez 3-D a CNBI privind structurile. NCBI a interconectat datele structurale cu informațiile bibliografice, cu bazele de date de secvențe și cu taxonomia NCBI. Include instrumente pentru vizualizarea secvenței și a structurii (Cn3D). |
| deschide într-o fereastră nouăOCA |
OCA, un browser-bază de date pentru structura/funcția proteinelor. OCA integrează date din mai multe surse deschide în fereastră nouă, punând accentul pe informațiile secvență-structură-funcție. |
| deschide în fereastră nouăPDBsum | PDBsum este o bază de date cu imagini care oferă o privire de ansamblu asupra conținutului fiecărei structuri 3D depuse în PDB. Aceasta prezintă molecula (moleculele) care alcătuiesc structura (de exemplu, lanțuri proteice, ADN, liganzi și ioni metalici) și diagrame schematice ale interacțiunilor acestora. |
| PDBWiki | Bază de cunoștințe adnotată de comunitate a structurilor moleculare biologice și a informațiilor conexe. |
| deschide într-o fereastră nouăProteopedia |
Enciclopedie wiki colaborativă a proteinelor și a altor structuri de macromolecule. Proteopedia conține o pagină pentru fiecare intrare din wwPDB, precum și pagini interactive realizate de utilizatori care au ca scop prezentarea informațiilor despre structură/funcție într-o manieră prietenoasă pentru un public științific larg. Proteopedia utilizează un instrument de creare de scene ușor de utilizat. |
| CATH |
Bază de date de clasificare ierarhică
|
|---|---|
| deschide în fereastră nouăSCOP |
Bază de date de clasificare ierarhică
|
| deschide în fereastră nouăBază de date Dali |
Clasificare pe bază de structură-.alinierea structurii proteinelor
|
| TOPS |
Bază de date privind topologiile proteinelor
|
| deschidere în fereastră nouăAmyPDB | Proteine amiloide, | |
|---|---|---|
| deschide în fereastră nouăAntibodies | Cytochrome P450 | |
| deschide în fereastră nouăCAZy | Carbohydrate active enzime | |
| CyBase | Proteine ciclice | |
| deschide în fereastră nouăCYPED | ||
| deschide in new windowEC→PDB | Enzime | |
| deschide în fereastră nouăESTHER | Alfa/beta hidrolaze omologe cu colinesterazele | |
| deschis într-o fereastră nouăEyeSite | Proteine care funcționează în ochi | |
| deschis într-o fereastră nouăGLYCO3D | Carbohidrați, Lectine, glicoziltransferaze, proteine de legare a Gag | |
| GlycoSuite | Glicani | |
| glycoSCIENCE | ||
| deschide într-o fereastră nouăGPCRDB | Proteinele Greceptori cuplați cu GG | |
| deschis în fereastră nouăHIV Structural Database | ||
| deschis în fereastră nouăHMPDb | Proteine mitocondriale umane | |
| deschis în fereastră nouăHmrbase | Hormoni | |
| deschis în fereastră nouăHomeodomain Resource | ||
| deschis în fereastră nouăKNOTIN | ||
| deschis în fereastră nouăLS-SNP/PDB | Annotated nonSNP sinonime cartografiate la structurile PDB | |
| MEROPS | Peptidaze | |
| MDB | Metaloproteine | |
| MemPro | Proteine membranare | |
| MPDB | Membranare proteinelor | |
| ARN FRABASE | ||
| SAAPdb | Cartografierea SNP-urilor și a patogenelor deviații (PD) la datele structurale ale proteinelor | |
| SDAP | Proteine alergene | |
| EF-Hand | ||
Baze de date cu modele 3-D determinate teoretic
Următoarele baze de date includ modele 3-D ale proteinelor calculate prin modelare comparativă. Înainte de a începe propriul dvs. proiect de modelare comparativă, încercați aceste baze de date.
Calcule automate cu ModPipe
Modeluri de structuri din diferite resurse (CSMP, JCSG, MCSG, NESG, NYSGXRC, JCMM, ModBase, SWISS-MODEL Repository)
Calcule automate cu SWISS_MODEL
.