În adâncul deșertului Chihuahuan, zona din jurul lui El Capitan este compusă din munți accidentați și saline bătute de vânt. Ca urmare, cea mai mare parte a prezenței nativilor americani din vecinătate era concentrată la aproximativ 5 km sud-est de El Capitan, în zona numită acum Pine Springs. O oază de izvoare, izvoare și vegetație, această zonă prezintă dovezi (depozite de mescal, petroglife, artefacte etc.) ale ocupației umane timp de mai multe secole. Cel mai recent, zona a fost un cămin sezonier pentru bandele de Apache Mescalero, care, împinse constant spre sud de către Comanche, un expansionist feroce, în secolul al XVIII-lea, s-au folosit de cunoștințele lor locale despre izvoare și alte resurse rare pentru a se menține într-un mediu altfel aspru până în secolul al XIX-lea, când expansiunea și colonizarea anglofonă au pus capăt modului lor de viață delicat și echilibrat.
În timp ce expedițiile spaniole ocazionale, cum ar fi cea a lui Antonio de Espejo din 1582, s-au apropiat de zona din jurul El Capitan, prezența anglo-europeană permanentă în zonă datează de la sfârșitul anilor 1840, când regiunea a devenit oficial parte a Statelor Unite după victoria americană în Războiul Mexicano-American. Dornice să găsească o potecă potrivită de la San Antonio la El Paso și, în cele din urmă, la teritoriile americane îndepărtate de pe coasta Pacificului, o serie de expediții s-au împins în ținuturile calde, uscate și periculoase de la vest de Pecos, în speranța de a găsi o potențială rută pentru căruțe cu suficient lemn și apă pentru a face posibilă o călătorie consistentă. Una dintre expediții, condusă de agentul indian Robert S. Neighbors, a ajuns la El Paso în 1849, printr-o călătorie dificilă care a necesitat traversarea și traversarea repetată a râurilor Pecos și Devil’s Rivers, iar apoi supraviețuirea pe distanța lungă și uscată de la Munții Davis până la El Paso. Dezamăgit de perspectiva de a se întoarce pe aceeași rută, grupul a pornit în schimb spre est de El Paso, spre Hueco Tanks și Guadalupe Pass, pe care spera să le urmeze până la o traversare stabilită a râului Pecos, în apropiere de granița modernă dintre Texas și New Mexico, folosită de mult timp de mexicani și nativi americani. Reușind să ajungă la Pecos, Neighbors a coborât rapid râul și s-a întors la San Antonio, unde a raportat superiorilor săi că această rută oferea apă bună la Hueco Tanks, lemn bun în apropierea munților și o cale ușoară prin Guadalupe Pass până la Pecos. Acest drum, care a devenit cunoscut sub numele de drumul „superior”, pentru a se distinge de drumul original „inferior”, care trecea prin Fort Davis și urca pe Rio Grande până la El Paso, a devenit în curând popular printre comercianți și emigranți, trenurile lor lungi de căruțe și catâri trecând pe lângă chipul meditativ al lui El Capitan. Acest trafic a crescut în 1858, când Butterfield Stagecoach a început să folosească drumul superior între El Paso și vadul de pe Pecos numit Pope’s Crossing, după numele lui John Pope, ofițerul de armată care a supravegheat trecerea cu doi ani înainte. Profitând de apa și lemnul disponibile, linia de diligență a construit o stație la Pinery, mai târziu numită Pine Springs, la 5 km sud-est de El Capitan. Deși această stație a durat doar un an, înainte ca traseul să fie mutat spre sud pentru a intra sub protecția fortificațiilor Stockton și Davis, stația Pinery a continuat să fie folosită de soldați, cargoboturi și emigranți mult timp după aceea.
În această perioadă, El Capitan a fost, de asemenea, martor al Războiului Sării din El Paso, o luptă violentă între rezidenții mexicano-americani și oamenii de afaceri anglo-americani pentru accesul la salinele care se extind spre vest de la baza muntelui. Cunoscute de mult timp de apași, salinele au fost identificate pentru prima dată de europeni în 1692 de către expediția lui Diego de Vargas. Devenind rapid o resursă locală importantă, generații de mexicani și, mai târziu, de mexicano-americani, au înfruntat drumul fierbinte și periculos de patru zile de la San Elizario, pe Rio Grande, până la Munții Hueco și apoi spre est, spre El Capitan, pentru a-și umple căruțele cu prețioasa sare. Totul s-a schimbat la sfârșitul anilor 1840, când regiunea a început să aibă o prezență anglofonă mai mare. În timp ce legea și tradiția mexicană considerau salinele drept proprietate comună, tradiția americană le considera terenuri nerevendicate, care puteau fi revendicate de orice cetățean și cumpărate ca proprietate privată. Până în anii 1870, încercările oamenilor de afaceri locali de a revendica salinele s-au lovit de opoziția violentă a rezidenților locali, pentru care sarea gratuită era un accesoriu important pentru economia regională de agricultură și creșterea animalelor. Conflictul a atins punctul culminant în decembrie 1877, când Charles Howard, care încercase să revendice salina, și doi colegi au fost uciși de o mulțime furioasă. Acest lucru a dus rapid la violențe generalizate împotriva familiilor mexicano-americane locale, ceea ce i-a determinat pe mulți să fugă la sud de Rio Grande. Până când praful s-a așezat, salina a fost revendicată, iar locuitorii locali au fost forțați să plătească pentru sarea care timp de secole fusese gratuită.
Până în primele decenii ale secolului al XX-lea, a fost construit un drum pentru orice vreme între El Paso și Carlsbad, New Mexico. Pus în funcțiune în 1928 ca U.S. Highway 62, drumul a adus o nouă generație de vizitatori în zonă, în special după deschiderea Parcului Național Carlsbad Caverns din apropiere în 1930. Cu zeci de ani înainte de crearea parcului național Guadalupe Mountains National Park, călătorii cu mașina și cu autobuzul se opreau deja la popasurile de pe marginea drumului pentru a se minuna de versanții abrupți ai lui El Capitan, pentru a face fotografii și pentru a scrie mesaje rapide pe spatele cărților poștale inscripționate cu fața impunătoare a muntelui. în această perioadă, terenul care includea El Capitan era deținut de James Adolphus Williams, a cărui casă Williams Ranch se află încă pe terenul parcului, la vest de munte. După mai multe eșecuri economice, Williams a vândut terenul în 1941 judecătorului J.C. Hunter din Van Horn, Texas, un petrolist prosper și un conservator timpuriu, a cărui Guadalupe Mountains Ranch a inclus în cele din urmă 75.000 de acri de teren în Guadalupes, inclusiv părți din Canionul McKittrick. Un susținător timpuriu al înființării unui parc pentru a proteja sudul Guadalupe, Hunter a făcut campanie timp de mai mulți ani până la moartea sa în 1945. Moștenind dorința tatălui său de a vedea zona protejată, atât pentru frumusețea peisajului, cât și pentru importanța sa geologică, fiul lui Hunter, J.C. Hunter Jr., a colaborat cu oficiali ai Serviciului Parcurilor Naționale pentru a încheia un acord care să permită Serviciului Parcurilor să achiziționeze terenul pentru a-l folosi ca parc național. Forțată să treacă printr-o mănușă chinuitoare de legislatori statali și federali, oficiali ai parcului și ingineri de drumuri, precum și de proprietari și fermieri locali, donația Hunter, care includea El Capitan și Guadalupe Peak, a fost în cele din urmă cedată Serviciului Parcurilor în 1969. Trei ani mai târziu, Parcul Național Munții Guadalupe a fost deschis oficial, permițând accesul public în zonă.
.