GO Terms Classifications Counter

CateGOrizer, cunoscut anterior sub numele de „GO Terms Classifications Counter”, este un instrument web îmbunătățit și liber pentru ca utilizatorii să analizeze pe loturi seturile de date cu termeni GO în funcție de clasele GO pe care le reprezintă. O caracteristică utilă a ontologiei genetice (GO) este că ajută la descrierea ierarhiilor de bază ale termenilor și a relațiilor dintre termeni în contextul biologiei. De obicei, este o sarcină dificilă să se obțină o imagine clară a modului în care un set de termeni GO este reprezentat de categoriile de gene din GO. Acest instrument web simplifică procesul de raționament al bazei de date prin gruparea și clasificarea claselor GO în funcție de o anumită metodă de clasificare, cum ar fi GO-Slim, profitând de relația precalculată a termenilor bazată pe închiderea tranzitivă a bazei de date GO. Acest instrument este alcătuit dintr-un set de programe CGI perl cuplate cu un SGBD MySQL care stochează datele DAG ale termenilor GO.

	INTRODUCERE: Analiza pe loturi a adnotărilor GO pentru grupuri de funcții genetice este o parte utilă a analizei datelor de microarray sau EST de mare capacitate.Acest utilitar este destinat utilizatorilor pentru a afla aparițiile termenilor lor GO în cadrul fiecărui set predefinit de termeni GO părinți/ancestori. Programul primește o intrare de termeni GO (de exemplu, GO:0007067) într-un format de listă sau într-un fișier text simplu neformatat, efectuează o clasificare în trepte în funcție de una dintre metodele de clasificare GO disponibile, cum ar fi GO_slim, GOA, EGAD, MGI_GO_slim, GO-ROOT etc., la alegerea utilizatorului, sau în funcție de una dintre propriile metode de clasificare, iar apoi returnează rezultatele pe web (dacă durează prea mult, va trimite utilizatorului un e-mail cu linkul către rezultate). Rezultatele includ un tabel care enumeră toate numărătorile și procentele finale, împreună cu un grafic circular.
		USAGE: Utilizarea instrumentului este la fel de simplă ca și cum ai urma acești trei pași: Pasul 3: „Utilizați acest instrument: Numărați ocurențele termenilor GO în fiecare clasă ancestrală Un tutorial video (în japoneză)
	Întrebări și răspunsuri: Pentru utilizarea corectă a acestui instrument și întrebări conexe, consultați această listă de Întrebări frecvente (FAQ). Dacă aveți orice întrebarecare nu este acoperită de această FAQ, vă rugăm să nu ezitați să ne anunțați.Toate comentariile cu privire la probleme și sugestiile de îmbunătățire a instrumentului sunt apreciate.
	PUBLICAȚII: Zhi-Liang Hu, Jie Bao și James M. Reecy (2008) „CateGOrizer: A Web-Based Program to Batch Analyze Gene Ontology Classification Categories”. Online Journal of Bioinformatics (Jurnalul online de bioinformatică). 9 (2):108-112. Citărilor Google: 244 până în 2020 Zhi-Liang Hu, Jie Bao și James M. Reecy (2007). „A Gene Ontology (GO) Terms Classifications Counter”. Plant & Animal Genome XV Conference, San Diego, CA, 13-17 ianuarie 2007.

.