Începută ca un derivat acustic al trupei Jefferson Airplane, Hot Tuna a devenit în cele din urmă obiectivul permanent al membrilor fondatori Jack Casady și Jorma Kaukonen, devenind o formație populară în turnee în anii 1970. Cei doi au fost prieteni de-o viață, crescând împreună în Washington, D.C., și cântând în grupul The Triumphs. După terminarea liceului, chitaristul Kaukonen și părinții săi, aflați în slujba guvernului, s-au mutat în Filipine, dar s-a întors în SUA la timp pentru apariția psihedeliei, aterizând în San Francisco și co-fondând trupa Airplane în 1965. Basistul Casady s-a alăturat la scurt timp după aceea, iar împreună au contribuit la succesul masiv al grupului la sfârșitul anilor ’60.
Hot Tuna – inițial supranumit Hot Sh*t, spre nemulțumirea casei lor de discuri, RCA – a început să prindă contur în 1969, în timp ce atât Casady cât și Kaukonen erau încă membri activi ai Jefferson Airplane; de fapt, primele lor spectacole au fost intercalate între concertele obișnuite ale Airplane. Ca un trio completat de muzicologul Will Scarlet (și incluzând ocazional membri ai Airplane, Marty Balin și Spencer Dryden), Hot Tuna a debutat în 1970 cu un disc discret LP autointitulat de blues tradițional și ragtime, înregistrat live la New Orleans House din Berkeley; până la albumul First Pull Up, Then Pull Down, mai inspirat de rock, din anul următor, pe lista lor se aflau violonistul Papa John Creach, în același timp membru cu normă întreagă al Airplane, și bateristul Sammy Piazza. Minus Scarlet, un al treilea album, Burgers, a apărut în 1972.
Până la apariția albumului The Phosphorescent Rat din 1974, atât Casady, cât și Kaukonen au ieșit oficial din Jefferson Airplane; în acest moment, Creach, care a ales să rămână cu Airplane, nu mai făcea parte din grup. Odată cu albumul America’s Choice din 1975, Piazza a plecat și el, fiind înlocuit de bateristul Bob Steeler; Yellow Fever a apărut în același an, iar Hoppkorv a urmat în 1976. Claviaturistul Nick Buck a semnat pentru albumul Double Dose din 1978, dar Hot Tuna și-a anunțat ulterior despărțirea, încheind prima fază a carierei lor cu albumul Final Vinyl din 1979.
În urma destrămării grupului, Kaukonen a lansat un LP solo, Jorma, și mai târziu s-a alăturat unității new wave Vital Parts; Casady a condus, de asemenea, un grup new wave al său, SVT. În 1984, ambii s-au întors la rădăcinile lor: Casady s-a alăturat foștilor colegi de la Airplane, Balin și Paul Kantner, în formația KBC Band, în timp ce Kaukonen a revenit la folkul acustic și la bluesul din anii săi de formare. În cele din urmă, Casady și Kaukonen au cântat în câteva concerte de club sub egida Hot Tuna, reformându-se mai concret în 1986; până în 1990, în rândurile lor se afla și cântărețul/multi-instrumentist Michael Falzarano, un veteran al multor spectacole ale reuniunii timpurii.
În acel an, Hot Tuna a lansat Pair a Dice Found, prima lor colecție de material nou de studio în peste un deceniu; a urmat o serie de lansări live, inclusiv Live at Sweetwater din 1992, Splashdown Two din 1997 și And Furthurmore…. din 1999. În anii care au urmat, Hot Tuna a continuat să cânte mai multe concerte live pe an în diverse configurații. Un single-disc best-of din anii RCA, Keep on Truckin’, a fost lansat în 2006. Primul album de studio al grupului din ultimii 20 de ani, Steady as She Goes, înregistrat la studioul lui Levon Helm din Woodstock, New York, și produs de Larry Campbell, a fost lansat la Red House Records în 2011.