Plămânul este expus la cantități enorme de aer și la agenți potențial infecțioși, dar infecțiile grave apar rareori, o dovadă a apărării naturale extraordinare a tractului respirator. Cele mai frecvente cauze ale infecțiilor pulmonare bacteriene la gazdele normale includ Streptococcus pneumoniae, speciile Haemophilus, Staphylococcus aureus și Mycobacterium tuberculosis. La gazdele compromise, cauzele bacteriene ale pneumoniei sunt mult mai largi, incluzând specii care, de obicei, nu sunt considerate de mare virulență la om. Într-adevăr, infecția cu una dintre aceste specii bacteriene neobișnuite impune căutarea unei afecțiuni imunocompromițătoare. Apărările normale ale tractului respirator includ factori fizici nespecifici („scara mucociliară”) și factori înnăscuți, inclusiv defensine, lizozim și celule fagocitare (leucocite polimorfonucleare, macrofage alveolare pulmonare și celule dendritice). Apărarea antibacteriană este potențată de opsonine, inclusiv de cele prezente în mod intrinsec (surfactant și componente ale complementului) și de imunoglobulinele induse. Afecțiunile imunocompromițătoare, în care apar frecvent infecții pulmonare bacteriene, includ (dar nu se limitează la) hipogammaglobulinemia, boala granulomatoasă cronică și diskinezia ciliară primară. Fiecare dintre aceste afecțiuni ilustrează rolul esențial al elementului handicapat al sistemului imunitar înnăscut și adaptativ în menținerea sterilității tractului respirator inferior.