Johann van Beethoven a fost fiul Mariei Josepha Ball (căsătorită în 1733) și al lui Lodewijk sau Ludwig van Beethoven (1712-1773; a nu se confunda cu celebrul fiu al lui Johann cu același nume), care s-a născut probabil în orașul Mechelen sau în apropiere, în Țările de Jos habsburgice (în prezent în Flandra, Belgia), și a slujit ca muzician în mai multe comunități din Mechelen și din împrejurimi înainte de a se stabili la Bonn în 1733, unde a slujit ca muzician la curtea prințului arhiepiscop-elector de Köln Clemens August al Bavariei, ajungând la postul de Kapellmeister în 1761. Johann van Beethoven a dat, de asemenea, dovadă de talent muzical și s-a alăturat curții, în principal ca și cântăreț, în 1764. În plus față de cântat (gama sa, deși este descrisă de obicei ca fiind cea a unui tenor, se poate să se fi extins în registre alto și chiar mai înalte), a cântat la vioară și la cither, și a cântat și a predat instrumentele cu claviatură ale vremii, inclusiv clavecinul și clavicordul.
A cunoscut-o pe viitoarea sa soție, Maria Magdalena Keverich (1746-1787), într-o călătorie la Ehrenbreitstein. Ea era fiica bucătarului-șef al lui Johann IX Philipp von Walderdorff, arhiepiscop-elector de Trier, a cărui curte se afla acolo, și avea legături de familie în orchestra curții de la Bonn. Keverich era deja văduvă la vârsta de 19 ani. Ea și Johann s-au căsătorit la 12 noiembrie 1767 în biserica catolică Sfântul Remigius din Bonn. Au avut șapte copii, dintre care trei au trăit până la vârsta adultă:
- Ludwig Maria van Beethoven (2 aprilie 1769 – 6 aprilie 1769)
- Ludwig van Beethoven (16 decembrie 1770 în Bonn, Kurköln – 26 martie 1827)
- Kaspar Anton Karl van Beethoven (8 aprilie 1774 – 15 noiembrie 1815)
- Nikolaus Johann van Beethoven (2 octombrie 1776 – 12 ianuarie 1848)
- Anna Maria Franziska van Beethoven (23 februarie 1779 – 27 februarie 1779)
- Franz Georg van Beethoven (17 ianuarie 1781 – 16 august 1783)
- Maria Margarete Josepha van Beethoven (5 mai 1786 – 26 noiembrie 1787)
Johann și-a dat seama de talentul lui Ludwig și a devenit primul său profesor. Cu toate acestea, a fost un tată abuziv, potrivit mai multor martori. „Erau puține zile când nu era bătut pentru a-l obliga să se pună la pian”, a povestit un prieten din copilărie al lui Ludwig. Un consilier judecătoresc a relatat că Johann îl închidea ocazional pe Ludwig într-o pivniță. De fiecare dată când Ludwig cânta prost, Johann exclama că era o rușine pentru familie. Johann era alcoolic, situație care s-a înrăutățit când Maria a murit în 1787, moment după care familia a devenit din ce în ce mai dependentă de tânărul Ludwig pentru a se întreține. În 1789, Ludwig, în vârstă de 18 ani, a obținut un ordin prin care jumătate din salariul lui Johann îi revenea pentru susținerea familiei.
Johann a murit în 1792, la scurt timp după ce Ludwig s-a mutat la Viena pentru a studia cu Joseph Haydn. Angajatorul său, Electorul, i-a scris sardonic unui prieten: „Veniturile din acciza pentru băuturi alcoolice au suferit o pierdere prin moartea lui Beethoven.”
.