Președinția și dușmănia cu Jackson
În timp ce al doilea mandat al președintelui Monroe se apropia de sfârșit în 1824, a existat o lipsă de bună dispoziție între consilierii săi oficiali, dintre care trei – secretarul de stat John Quincy Adams, secretarul de război John C. Calhoun și secretarul Trezoreriei William H. Crawford – au aspirat la succesiunea sa. Henry Clay, președintele Camerei, și generalul Andrew Jackson au fost, de asemenea, candidați. Calhoun a fost nominalizat pentru funcția de vicepreședinte. Dintre ceilalți patru, Jackson a primit 99 de voturi electorale pentru președinție, Adams 84, Crawford 41, iar Clay 37; deoarece niciunul nu avea majoritatea, decizia a fost luată de Camera Reprezentanților, care s-a limitat în alegerea sa la cei trei candidați care au primit cel mai mare număr de voturi. Clay, care de ani de zile adoptase o atitudine de cenzură față de Jackson, și-a exercitat influența pentru Adams, a cărui alegere a fost astfel asigurată din primul tur de scrutin. Câteva zile mai târziu, Adams i-a oferit lui Clay postul de secretar de stat, pe care acesta l-a acceptat. Susținătorii lui Jackson au acuzat o „afacere coruptă” și au transformat mandatul lui Adams într-o campanie de patru ani pentru a câștiga pentru omul lor ceea ce ei considerau că îi revenea de drept, președinția.
Până în acest moment cariera lui Adams avusese un succes aproape uniform, dar președinția sa (1825-29), în timpul căreia țara a prosperat, a fost, în cele mai multe privințe, un eșec politic din cauza opoziției virulente a jacksonienilor. Adams a muncit din greu, trezindu-se între patru și șase dimineața și mergând adesea la o plimbare prin oraș sau la o baie în râul Potomac înainte de micul dejun. Odată, aproape s-a înecat, deoarece mânecile bluzei sale s-au umplut de apă și l-au îngreunat. Dar știa că nu era un om al poporului. Recunoscuse în discursul său inaugural că era „mai puțin posedat de încrederea voastră… decât oricare dintre predecesorii mei”. Era în favoarea, printre alte propuneri orientate spre viitor, a creării unei universități naționale și a unui observator astronomic național; dorea ca teritoriile vestice să fie păstrate în custodie de către guvernul federal și să fie dezvoltate doar treptat; și a propus o amplă extindere a drumurilor țării cu ajutor federal. Congresul a fost în general surd la inițiativele sale.
În 1828 Jackson a fost ales președinte în detrimentul lui Adams, cu 178 de voturi electorale față de cele 83 ale lui Adams. În timpul administrației lui Jackson au apărut divergențe ireconciliabile între adepții săi și cei ai lui Adams, aceștia din urmă devenind cunoscuți sub numele de Republicanii Naționali, care, împreună cu Antimaoniștii, au fost precursorii Whigs. Aversiunea intensă a lui Adams față de Jackson și față de ceea ce reprezenta acesta a rămas neschimbată. Când, în 1833, Colegiul Harvard i-a acordat lui Jackson o diplomă onorifică, Adams a refuzat să participe la ceremonia de la alma mater. El a mărturisit că nu va fi „prezent pentru a asista la rușinea de a conferi cele mai înalte onoruri ale sale unui barbar care nu putea scrie nici măcar o propoziție de gramatică și abia își putea scrie propriul nume.”
Adams s-a retras la viața privată în 1829 în orașul Quincy din Massachusetts, dar numai pentru o scurtă perioadă; în 1830, susținut în mare parte de membri ai mișcării antimasonice (o forță politică formată inițial în opoziție față de francmasonerie), a fost ales membru al Camerei Reprezentanților naționale. Când i s-a sugerat că acceptarea acestei poziții l-ar fi degradat pe un fost președinte, Adams a răspuns că nicio persoană nu poate fi degradată dacă servește poporul ca reprezentant în Congres sau consilier al orașului său. A servit în Camera Reprezentanților din 1831 până la moartea sa, în 1848. Dar nu și-a abandonat speranțele pentru o realegere la președinție – fie ca nominalizat al Partidului Antimaonic (în care a fost foarte activ atâta timp cât acest partid a avut posibilități politice), fie al Partidului Republican Național sau al unei uniuni a celor două sau chiar al Partidului Whig de mai târziu – întotdeauna în mintea sa ca „om al întregii națiuni”. Treptat, aceste speranțe s-au estompat.
.