Ordonat preot în 1844, părintele Seelos a slujit în diferite parohii de pe Coasta de Est și din Midwest ca membru al comunității Redemptoriste din Statele Unite. Pe lângă faptul că a îndrumat seminariști timp de mai mulți ani, și-a petrecut o parte din preoție călătorind prin Statele Unite predicând misiuni parohiale. A fost un predicator excelent, iar personalitatea sa veselă i-a ajutat pe mulți oameni să regăsească drumul spre Sacramentul Mărturisirii. Părintele Seelos a petrecut ore nesfârșite în confesional și mii de oameni au experimentat acolo mila lui Dumnezeu prin blândețea sa. Părintele Seelos a subliniat importanța rugăciunii zilnice și necesitatea de a prioritiza rugăciunea chiar mai mult decât de obicei în momentele în care suntem ocupați, când ne confruntăm cu ispite dificile sau când ne simțim slabi în credință.
În timpul călătoriilor sale, a predicat la parohii din Dieceza de Toledo în anii 1860, printre care se numără: Sf: Parohia istorică Saint Patrick din Toledo, Parohia Saint Francis de Sales din Toledo, Parohia Sacred Heart din Shelby și Parohia Holy Trinity din Bucyrus. În 1866, a devenit pastor al parohiei Saint Mary of the Assumption din New Orleans, unde și-a concentrat slujirea asupra celor săraci. În acea perioadă a avut loc o epidemie de febră galbenă în New Orleans. Părintele Seelos a contractat virusul mortal în timp ce îi slujea pe săraci. A murit pe 4 octombrie 1867, la vârsta de 48 de ani. Deși nu a fost încă canonizat ca sfânt, Papa Ioan Paul al II-lea l-a declarat „binecuvântat” în anul 2000.
În timpul slujbei de declarare a părintelui Seelos „binecuvântat”, Papa Ioan Paul al II-lea a spus următoarele:
În diferitele locuri în care a lucrat, părintele Francisc Xavier a adus entuziasmul, spiritul său de sacrificiu și zelul său apostolic. Celor abandonați și celor pierduți le-a predicat mesajul lui Isus Cristos, „izvorul mântuirii veșnice” (Evr 5,9), iar în orele petrecute în confesional i-a convins pe mulți să se întoarcă la Dumnezeu. Astăzi, Fericitul Francisc Xavier Seelos îi invită pe membrii Bisericii să aprofundeze unirea lor cu Cristos în sacramentele Penitenței și Euharistiei. Prin mijlocirea sa, fie ca toți cei care lucrează în vie pentru mântuirea poporului lui Dumnezeu să fie încurajați și întăriți în sarcina lor.
.