Presidencia y disputa con Jackson
Cuando el segundo mandato del presidente Monroe llegaba a su fin en 1824, no había buena sintonía entre sus asesores oficiales, tres de los cuales -el secretario de Estado John Quincy Adams, el secretario de Guerra John C. Calhoun y el secretario del Tesoro William H. Crawford- aspiraban a sucederle. Henry Clay, presidente de la Cámara de Representantes, y el general Andrew Jackson también fueron candidatos. Calhoun fue nominado para la vicepresidencia. De los otros cuatro, Jackson recibió 99 votos electorales para la presidencia, Adams 84, Crawford 41 y Clay 37; como nadie tenía la mayoría, la decisión fue tomada por la Cámara de Representantes, que se limitó a elegir a los tres candidatos que habían recibido el mayor número de votos. Clay, que durante años había asumido una actitud censuradora hacia Jackson, se inclinó por Adams, cuya elección quedó así asegurada en la primera votación. Pocos días después, Adams ofreció a Clay el cargo de secretario de Estado, que éste aceptó. Los partidarios de Jackson acusaron un «trato corrupto» y convirtieron el mandato de Adams en una campaña de cuatro años para ganar para su hombre lo que consideraban su lugar legítimo, la presidencia.
Hasta ese momento la carrera de Adams había sido casi uniformemente exitosa, pero su presidencia (1825-29), durante la cual el país prosperó, fue en la mayoría de los aspectos un fracaso político debido a la virulenta oposición de los jacksonianos. Adams trabajaba mucho, se levantaba entre las cuatro y las seis de la mañana y a menudo salía a pasear por la ciudad o a bañarse en el río Potomac antes de desayunar. Una vez estuvo a punto de ahogarse cuando las mangas de su blusa se llenaron de agua y le pesaron. Pero sabía que no era un hombre del pueblo. Había admitido en su discurso de investidura que estaba «menos dotado de vuestra confianza… que cualquiera de mis predecesores». Estaba a favor, entre otras propuestas con visión de futuro, de crear una universidad nacional y un observatorio astronómico nacional; deseaba que los territorios occidentales fueran mantenidos en fideicomiso por el gobierno federal y desarrollados sólo gradualmente; y propuso una vasta expansión de las carreteras del país con ayuda federal. El Congreso hizo oídos sordos a sus iniciativas.
En 1828 Jackson fue elegido presidente por encima de Adams, con 178 votos electorales frente a los 83 de éste. Fue durante el gobierno de Jackson que se desarrollaron diferencias irreconciliables entre sus seguidores y los de Adams, llegando estos últimos a ser conocidos como los Republicanos Nacionales, que, con los Antimasones, fueron los precursores de los Whigs. La intensa aversión de Adams a Jackson y a lo que representaba no disminuyó. Cuando en 1833 el Harvard College concedió a Jackson un título honorífico, Adams se negó a asistir a la ceremonia en su alma mater. Declaró que no «estaría presente para presenciar la deshonra de conferir sus más altos honores a un bárbaro que no podía escribir una frase de gramática y apenas podía deletrear su propio nombre».
Adams se había retirado a la vida privada en 1829 en la ciudad de Quincy, en Massachusetts, pero sólo por un breve período; en 1830, apoyado en gran medida por miembros del movimiento antimasónico (una fuerza política formada inicialmente en oposición a la masonería), fue elegido miembro de la Cámara de Representantes nacional. Cuando se le sugirió que su aceptación de este cargo degradaría a un ex presidente, Adams respondió que ninguna persona podía degradarse por servir al pueblo como representante en el Congreso o como concejal de su pueblo. Sirvió en la Cámara de Representantes desde 1831 hasta su muerte, en 1848. Pero no había abandonado sus esperanzas de una reelección a la presidencia -ya fuera como candidato del Partido Antimasónico (en el que fue muy activo mientras ese partido tuvo posibilidades políticas) o del Partido Republicano Nacional o de una unión de ambos o incluso del posterior Partido Whig- siempre en su propia mente como «hombre de toda la nación». Poco a poco, estas esperanzas se desvanecieron.