El transporte de animales por agua es un medio de transporte muy antiguo porque es relativamente barato y seguro, con una pérdida mínima de animales. Las vías fluviales se han utilizado para el transporte de animales vivos y de diversas mercancías desde la antigüedad, por ejemplo en el Antiguo Egipto y en el Imperio Romano. Más tarde, los vikingos tuvieron tanto éxito en sus conquistas porque siempre llevaban caballos entrenados a bordo. Se cree que la colonización de América fue posible porque los españoles también llevaban muchos caballos. Las posesiones danesas en el Caribe deben gran parte de su éxito económico en el periodo comprendido entre 1820 y 1920 al suministro permanente de mulas y otros équidos baratos procedentes de Sudamérica. Las mulas se utilizaban para fines agrícolas y para trabajar en los ingenios de caña de azúcar. En el siglo XX se transportó un número importante de animales a las colonias alemanas y británicas de Sudáfrica. Durante la Primera y la Segunda Guerra Mundial también se transportaron animales por agua; se tomaron medidas para cumplir los requisitos fisiológicos fundamentales y un veterinario acompañó a los animales en los viajes largos. Estas precauciones permitieron reducir al mínimo las pérdidas durante el transporte.