Räkning av livskraftiga celler
Det finns en mängd olika sätt att räkna antalet bakterier i ett prov. Genom att räkna antalet livskraftiga celler kan man identifiera antalet aktivt växande/delande celler i ett prov. Platträkningsmetoden eller spridningsskivan bygger på att bakterier växer en koloni på ett näringsmedium. Kolonin blir synlig för blotta ögat och antalet kolonier på en platta kan räknas. För att vara effektiv måste utspädningen av det ursprungliga provet ordnas så att i genomsnitt mellan 30 och 300 kolonier av målbakterien odlas. Färre än 30 kolonier gör tolkningen statistiskt osäker och fler än 300 kolonier resulterar ofta i överlappande kolonier och oprecisa räkningar. För att säkerställa att ett lämpligt antal kolonier genereras odlas normalt flera utspädningar. Laboratorieförfarandet innebär att man gör serieutspädningar av provet (1:10, 1:100, 1:1000 osv.) i sterilt vatten och odlar dessa på näringsagar i en skål som försluts och inkuberas. Typiska medier är platträkningsagar för allmän räkning eller MacConkey-agar för räkning av gramnegativa bakterier som E. coli. Vanligtvis inkuberas en uppsättning plattor vid 22 °C i 24 timmar och en andra uppsättning vid 37 °C i 24 timmar. Näringsmedlets sammansättning innehåller vanligen reagenser som motverkar tillväxten av icke-målorganismer och gör det lätt att identifiera målorganismen, ofta genom en färgförändring i mediet. Vissa nyare metoder innehåller ett fluorescerande medel så att man kan automatisera räkningen av kolonierna. I slutet av inkubationstiden räknas kolonierna med ögat, ett förfarande som tar några ögonblick och som inte kräver något mikroskop eftersom kolonierna vanligtvis är några millimeter breda.
Hällplattemetoden används när man vid analysen letar efter bakteriearter som växer dåligt i luft. Den inledande analysen görs genom att blanda serieutspädningar av provet i flytande näringsagar som sedan hälls i flaskor. Flaskorna försluts sedan och läggs på sidorna för att skapa en lutande agaryta. Kolonier som utvecklas i mediumets kropp kan räknas med ögat efter inkubation. Det totala antalet kolonier kallas Total Viable Count (TVC). Måttenheten är cfu/ml (eller kolonibildande enheter per milliliter) och avser det ursprungliga provet. Beräkningen av detta är en multipel av det räknade antalet kolonier multiplicerat med den använda utspädningen. Exempel på ett antal livskraftiga celler är spridda plattor från en serieutspädning av en vätskekultur och hällplattor. Med en spridningsplatta gör man serieutspädningar i flytande medier och sprider sedan ut en känd volym från det sista röret i utspädningsserien. Kolonierna på plattan kan sedan räknas och koncentrationen av bakterier i den ursprungliga kulturen kan beräknas. I hällplattemetoden blandas ett utspätt bakterieprov med smält agar och sedan hälls denna blandning i en petriskål. Återigen räknas kolonierna och antalet livskraftiga celler beräknas.