CD40LG-genen ger instruktioner för att tillverka ett protein som kallas CD40-ligand, som finns på ytan av immunförsvarets celler, så kallade T-celler. CD40-ligand fäster som en nyckel i ett lås vid sitt receptorprotein, CD40, som finns på ytan av immunförsvarsceller som kallas B-celler. B-celler är involverade i produktionen av proteiner som kallas antikroppar eller immunoglobuliner och som hjälper till att skydda kroppen mot infektioner. Det finns flera klasser av antikroppar och var och en har en annan funktion i immunsystemet. B-celler kan mogna till de celler som producerar immunglobulin M (IgM) utan några signaler från andra celler. För att B-celler ska kunna mogna till de celler som producerar antikroppar av en annan klass måste CD40-receptorn interagera med CD40-liganden. När dessa två proteiner kopplas samman utlöser de en serie kemiska signaler som instruerar B-cellen att börja tillverka immunglobulin G (IgG), immunglobulin A (IgA) och immunglobulin E (IgE).
CD40-liganden är också nödvändig för att T-cellerna ska kunna interagera med andra celler i immunförsvaret, och den spelar en nyckelroll i T-celldifferentieringen (den process genom vilken cellerna mognar för att utföra specifika funktioner)
.