Ett av de mest effektiva sätten att hantera Cladosporium öronröta är att identifiera dess förekomst så tidigt som möjligt och att hantera miljön där majsen odlas och lagras. Att undersöka fält efter öronröta, vilket bör göras varannan vecka, och testa för mykotoxinförorening är det första steget för att bedöma om öronröta i allmänhet förekommer eller inte, även om inget mykotoxin är förknippat med C. herbarum specifikt. Problemfält kan kännetecknas av att mer än 10 % av axen innehåller svampen på 10-20 % av kornet. Infekterade kolvar bör skördas så snart som möjligt, rengöras för att avlägsna svamppartiklar, torkas till 15 % fukt eller lägre omedelbart för att stoppa svamptillväxten och lagras i en luftig miljö vid 13-14 % fukt mellan 35 och 40 °F för att stoppa svampens asexuella reproduktion och spridning. Dessa kulturkontroller kan kraftigt minska skördeförlusterna.
C. herbarum behöver en öppning för att infektera sin värd, så kulturkontroller som förhindrar att kärnor skadas skulle förhindra infektion av nya plantor. Insekticider kan användas i tid för att kemiskt bekämpa majsöronmaskar och majsborrar som skadar kärnorna, vilket gör det möjligt för inokulum att ta sig in. Dessutom bör skördetröskor saneras och ställas in ordentligt för att minimera skador på kärnorna under skörden.
Ett annat mindre effektivt sätt att hantera hur stor andel av grödan som är infekterad är att plantera resistenta sorter och kassera de mest mottagliga. Det är dock värt att nämna att ingen hybrid är resistent mot alla öronruttnande svampar och att resistenta sorter inte är allmänt tillgängliga, så även om en sort är resistent mot Cladosporium öronröta kan den riskera att infekteras av en annan öronruttnande svamp. Mer täckande skal och starkare fröskal gör det också svårare för värddjuret att smittas från början. Växtföljd skulle troligen vara en effektiv kulturell kontrollmetod för att eliminera patogenen, men det skulle kräva att alla majsodlare i ett län följde den för att det skulle ha någon betydande inverkan på inokulumnivåerna. Om alla majsodlare inte följer växtföljden skulle sporer från närliggande fält helt enkelt föras med vinden till andra fält och hindra inokulumnivåerna från att sjunka till rimliga nivåer.