Pater Seelos prästvigdes 1844 och tjänstgjorde i olika församlingar på östkusten och i Mellanvästern som medlem av Redemptoristkommuniteten i USA. Förutom att han under flera år var mentor för seminarister tillbringade han också en del av sin prästtid med att resa runt i USA och predika församlingsuppdrag. Han var en utmärkt predikant och hans glada personlighet hjälpte många människor att hitta tillbaka till biktens sakrament. Fader Seelos tillbringade oändliga timmar i biktstolen och tusentals människor upplevde Guds barmhärtighet där genom hans mildhet. Fader Seelos betonade vikten av daglig bön och behovet av att prioritera bönen ännu mer än vanligt i tider när vi är upptagna, står inför svåra frestelser eller känner oss svaga i tron.
Under sina resor predikade han i församlingar i Toledos stift under 1860-talet, bland annat: Saint Patrick Historic Parish i Toledo, Saint Francis de Sales Parish i Toledo, Sacred Heart Parish i Shelby och Holy Trinity Parish i Bucyrus. År 1866 blev han pastor i Saint Mary of the Assumption Parish i New Orleans där han inriktade sin verksamhet på de fattiga. Under denna tid fanns det en epidemi av gula febern i New Orleans. Fader Seelos fick det dödliga viruset när han tjänade de fattiga. Han dog den 4 oktober 1867 vid 48 års ålder. Även om han ännu inte är helgonförklarad, förklarade påven Johannes Paulus II honom ”välsignad” år 2000.
Under mässan då han förklarade fader Seelos ”välsignad” sade påven Johannes Paulus II följande:
På de olika ställen där han arbetade förde fader Franciskus Xavier med sig sin entusiasm, sin uppoffrande anda och sin apostoliska iver. Till de övergivna och förlorade predikade han budskapet om Jesus Kristus, ”källan till evig frälsning” (Hebr 5:9), och under de timmar han tillbringade i biktstolen övertygade han många att återvända till Gud. I dag inbjuder den välsignade Francis Xavier Seelos kyrkans medlemmar att fördjupa sin förening med Kristus i botgöringens och eukaristins sakrament. Genom hans förbön må alla som arbetar i vingården för Guds folks frälsning uppmuntras och stärkas i sin uppgift.