Databaser för struktur av makromolekyler

• Primära databaser över empiriskt bestämda 3-D-modeller
• Relaterade (härledda) strukturdatabaser
• Strukturella klassificeringsdatabaser
• Specialized Structural Databases
• Följande databaser är inriktade på specifika proteinfamiljer eller andra biologiska makromolekyler och innehåller strukturell information som härrör från wwPDB.
• Databaser med teoretiskt bestämda 3D-modeller
• Följande databaser innehåller 3D-modeller av proteiner som beräknats genom jämförande modellering. Innan du påbörjar ditt eget projekt med jämförande modellering kan du prova dessa databaser.

Primära databaser över empiriskt bestämda 3-D-modeller

öppna i nytt fönsterBMRB	BioMagResBank. Ett arkiv för data från NMR-spektroskopi på biomolekyler. BMRB är en del av wwPDB. Koordinat- och begränsningsdata släpps av PDB medan andra NMR-spektraldata (t.ex. kemiska skift, kopplingskonstanter och relaxationsparametrar) arkiveras av BMRB.
öppna i nytt fönsterCSD	The Cambridge Structural Database. Kommersiellt arkiv för kristallstrukturer av små organiska molekyler, inklusive korta polypeptider och polysackarider (WIS-licensierad CSD)
öppna i nytt fönsterNDB	Ett arkiv för strukturell information om nukleinsyror. Strukturerna arkiveras både i wwPDB och i NDB.
öppna i nytt fönsterwwPDB	Den världsomspännande Protein Data Bank (wwPDB) är det internationellt erkända enda arkivet för alla publicerade makromolekylära tredimensionella strukturer som fastställts empiriskt. PDB-arkivet kan nås via följande portaler: öppna i nytt fönsterRCSB PDB (USA) MSD-EBI (Europa) öppna i nytt fönsterPDBj (Japan)
Alerts
	öppna i nytt fönsterPDBalert	Automatisk system som varnar användare så snart en PDB-struktur med homologi till ett intressant protein blir tillgänglig
	soaPDB	Web-verktyg för generering och organisering av sparade PDB-sökningar, inklusive automatiska varningar via e-post
	öppna i nytt fönsterSeqAlert	Automatiskt system som varnar användarna så snart en PDB-struktur med homologi till ett intressant protein blir tillgänglig
.

Relaterade (härledda) strukturdatabaser

Jena-biblioteket	Databasen syftar till att integrera information om strukturmodeller i PDB med tonvikt på visualisering och analys.
öppna i nytt fönsterMMDB	NCBI:s Entrez 3-D strukturdatabas. NCBI har korslänkat strukturella data till bibliografisk information, till sekvensdatabaserna och till NCBI:s taxonomi. Den innehåller verktyg för visualisering av sekvenser och strukturer (Cn3D).
öppna i nytt fönsterOCA	OCA, en webbläsardatabas för proteinstruktur/funktion. OCA integrerar data från flera open in new windows-källor med tonvikt på information om sekvens, struktur och funktion.
öppna i nytt fönsterPDBsum	PDBsum är en bilddatabas som ger en överblick över innehållet i varje 3D-struktur som deponerats i PDB. Den visar den eller de molekyler som utgör strukturen (dvs. proteinkedjor, DNA, ligander och metalljoner) och schematiska diagram över deras interaktioner.
PDBWiki	Gemenskapligt kommenterad kunskapsdatabas för biologiska molekylära strukturer och relaterad information.
öppna i nytt fönsterProteopedia	Samarbetsbaserad wiki-encyklopedi över proteiner och andra makromolekylers strukturer. Proteopedia innehåller en sida för varje post i wwPDB, samt av användarna skapade interaktiva sidor som syftar till att presentera struktur-/funktionsinformation på ett användarvänligt sätt för en bred vetenskaplig publik. Proteopedia använder ett lättanvänt verktyg för att skapa scener.

.

Databaser med teoretiskt bestämda 3D-modeller

Följande databaser innehåller 3D-modeller av proteiner som beräknats genom jämförande modellering. Innan du påbörjar ditt eget projekt med jämförande modellering kan du prova dessa databaser.

Automatiska beräkningar med ModPipe

Modellstrukturer från olika resurser (CSMP, JCSG, MCSG, NESG, NYSGXRC, JCMM, ModBase, SWISS-MODEL Repository)

Automatiska beräkningar med SWISS_MODEL