Djupt inne i Chihuahuan-öknen består området runt El Capitan av karga berg och vindpinade saltöar. Som ett resultat av detta var den största delen av indianernas närvaro i närområdet centrerad omkring 3 miles sydost om El Capitan i det område som nu kallas Pine Springs. Området är en oas av källor, källor och vegetation och har bevis (mescaldeponier, hällristningar, artefakter etc.) på att människor har varit bosatta i flera århundraden. Senast var området ett säsongsmässigt hem för grupper av mescaleroapacher, som, efter att stadigt ha drivits söderut av de våldsamt expansiva comancherna på 1700-talet, använde sin lokala kunskap om källor och andra knappa resurser för att klara sig själva i en i övrigt hård miljö ända in på 1800-talet, när angloamerikansk expansion och bosättning satte stopp för deras känsligt balanserade levnadssätt.
Och även om enstaka spanska expeditioner, t.ex. Antonio de Espejos expedition 1582, kom i närheten av området kring El Capitan, så är den permanenta anglo-europeiska närvaron i området daterad från slutet av 1840-talet, då regionen officiellt blev en del av Förenta staterna efter den amerikanska segern i det mexikansk-amerikanska kriget. Ivriga att hitta en lämplig väg från San Antonio till El Paso, och så småningom till de avlägsna amerikanska territorierna på Stillahavskusten, trängde ett antal expeditioner in i de varma, torra och farliga områdena väster om Pecos, i hopp om att hitta en potentiell vagnsrutt med tillräckligt med timmer och vatten för att möjliggöra en konsekvent resa. En av expeditionerna, som leddes av indianagenten Robert S. Neighbors, tog sig till El Paso 1849 genom en svår resa som krävde att man korsade och åter korsade Pecos- och djävulsfloderna och sedan överlevde den långa, torra sträckan från Davisbergen till El Paso. Gruppen var besviken på utsikten att återvända på samma väg och gav sig i stället iväg österut från El Paso mot Hueco Tanks och Guadalupepasset, som de hoppades kunna följa till en etablerad korsning av Pecosfloden nära den moderna gränsen mellan Texas och New Mexico, som länge använts av mexikaner och indianer. Neighbors lyckades nå Pecosfloden och tog sig snabbt ner för floden och återvände till San Antonio, där han rapporterade till sina överordnade att denna väg erbjöd bra vatten vid Hueco Tanks, bra timmer i närheten av bergen och en enkel väg genom Guadalupepasset till Pecosfloden. Denna väg, som blev känd som den ”övre” vägen för att skilja sig från den ursprungliga ”nedre” vägen genom Fort Davis och uppför Rio Grande till El Paso, blev snart populär bland handelsmän och emigranter, vars långa tåg av vagnar och mulor passerade nära El Capitans grubblande ansikte. Denna trafik ökade 1858 när Butterfield Stagecoach började använda den övre vägen mellan El Paso och det vadställe på Pecos som kallades Pope’s Crossing, efter John Pope, den arméofficer som hade kartlagt övergången två år tidigare. Pendeltågslinjen drog nytta av det vatten och virke som fanns tillgängligt och byggde en station vid Pinery, som senare kallades Pine Springs, tre mil sydost om El Capitan. Även om stationen bara varade i ett år innan rutten flyttades söderut för att hamna under beskydd av fort Stockton och Davis, fortsatte Pinery-stationen att användas av soldater, fraktfartyg och emigranter långt senare.
Under denna period vittnade El Capitan också om El Paso Salt War, en våldsam kamp mellan mexikansk-amerikanska invånare och anglo-amerikanska affärsmän om tillgången till de saltflak som sträcker sig västerut från bergets fot. Apacherna kände sedan länge till saltfälten, men européerna upptäckte dem för första gången 1692 genom Diego de Vargas’ expedition. Generationer av mexikaner, och senare mexikansk-amerikaner, som snabbt blev en viktig lokal resurs trotsade den heta, farliga, fyra dagar långa leden från San Elizario vid Rio Grande till Huecobergen och sedan österut mot El Capitan för att fylla sina vagnar med det dyrbara saltet. Allt detta förändrades i slutet av 1840-talet, när regionen började få en större angloamerikansk närvaro. Medan mexikansk lag och tradition hade betraktat saltfälten som gemensam egendom, betraktade amerikansk tradition dem som oanmäld mark, som kunde tas i anspråk av vilken medborgare som helst och köpas som privat egendom. På 1870-talet möttes lokala affärsmäns försök att göra anspråk på saltfälten av våldsamt motstånd från lokalbefolkningen, för vilka det fria saltet var ett viktigt komplement till den regionala ekonomin med jordbruk och boskapsskötsel. Konflikten nådde sin spets i december 1877, då Charles Howard, som hade försökt göra anspråk på saltfälten, och två kollegor mördades av en ilsken mobb. Detta ledde snabbt till utbrett våld mot lokala mexikansk-amerikanska familjer, vilket fick många att fly söder om Rio Grande. När dammet hade lagt sig hade saltfälten tagits i anspråk och lokalbefolkningen tvingades betala för det salt som i århundraden hade varit gratis.
Under de första decennierna av 1900-talet hade en allvädersväg byggts mellan El Paso och Carlsbad, New Mexico. Vägen, som togs i bruk 1928 som U.S. Highway 62, förde en ny generation besökare till området, särskilt efter öppnandet av den närliggande nationalparken Carlsbad Caverns National Park 1930. Redan decennier innan Guadalupe Mountains National Park skapades stannade resenärer med bil och buss vid rastplatser vid vägkanten för att beundra El Capitans branta sidor, ta bilder och skriva snabba meddelanden på baksidorna av vykort med bergets imponerande ansikte.Under den här perioden ägdes marken som omfattade El Capitan av James Adolphus Williams, vars Williams Ranch-hus fortfarande finns kvar på parkens mark väster om berget. Efter flera ekonomiska bakslag sålde Williams marken 1941 till domare J.C. Hunter från Van Horn, Texas, en välmående oljeman och tidig naturvårdare vars Guadalupe Mountains Ranch så småningom omfattade 75 000 tunnland mark i Guadalupes, inklusive delar av McKittrick Canyon. Hunter var en tidig förespråkare för inrättandet av en park för att skydda de södra Guadalupes-bergen och drev kampanjen i flera år fram till sin död 1945. Hunter, som ärvde sin fars önskan att se området skyddat, både för dess naturskönhet och geologiska betydelse, arbetade Hunters son, J.C. Hunter Jr, med tjänstemän vid National Park Service för att få till stånd ett avtal som skulle göra det möjligt för Park Service att köpa marken för att använda den som en nationalpark. Hunter-donationen, som omfattade El Capitan och Guadalupe Peak, tvingades springa genom ett snårigt förlopp med delstatliga och federala lagstiftare, parktjänstemän och vägingenjörer samt fastighetsägare och lokala boskapsuppfödare, och överlämnades till slut till Park Service 1969. Tre år senare öppnades Guadalupe Mountains National Park officiellt, vilket gav allmänheten tillträde till området.