Fixering är den process genom vilken en allel blir en fast allel i en population. Det finns många sätt för en allel att bli fixerad, men oftast sker det genom att flera processer samverkar. De två viktigaste drivkrafterna bakom fixering är naturligt urval och genetisk drift. Naturligt urval postulerades av Darwin och omfattar många processer som leder till att organismer överlever olika på grund av genetiska eller fenotypiska skillnader. Genetisk drift är den process genom vilken allelfrekvenser fluktuerar inom populationer. Naturligt urval och genetisk drift driver evolutionen framåt, och genom evolutionen kan alleler fixeras.
De naturliga urvalsprocesserna som sexuellt, konvergent, divergent eller stabiliserande urval banar väg för fixering av alleler. Ett sätt på vilket vissa av dessa naturliga urvalsprocesser orsakar fixering är genom att en specifik genotyp eller fenotyp gynnas, vilket leder till att variabiliteten konvergerar tills en allel blir fixerad. Det naturliga urvalet kan fungera åt andra hållet, där två alleler fixeras genom att två specifika genotyper eller fenotyper gynnas, vilket leder till divergens inom populationen tills populationerna blir så skilda att de nu är två arter, var och en med sin egen fixerade allel.
Selektiva påtryckningar kan gynna vissa genotyper eller fenotyper. Ett allmänt känt exempel på detta är processen med antibiotikaresistens inom bakteriepopulationer. När antibiotika används för att döda bakterier kan ett litet antal av dem med gynnsamma mutationer överleva och återplantera sig i en miljö som nu är fri från konkurrens. Allelen för antibiotikaresistens blir då en fast allel i de överlevande och framtida populationerna. Detta är ett exempel på flaskhalseffekten. En flaskhals uppstår när en population utsätts för ett starkt selektivt tryck och endast vissa individer överlever. Dessa överlevande individer har ett mindre antal alleler i sin population än vad som fanns i den ursprungliga populationen, men dessa återstående alleler är de enda som finns kvar i framtida populationer om ingen mutation eller migration sker. Denna flaskhalseffekt kan också ses vid naturkatastrofer, vilket visas i exemplet med kaninen ovan.
Som liknar flaskhalseffekten kan även grundareffekten orsaka allelfixering. Grundareffekten uppstår när en liten grundande population flyttas ett nytt område och sprider den framtida populationen. Detta kan ses i älgpopulationen Alces alces i Newfoundland, Kanada. Älgar är inte inhemska på Newfoundland, och 1878 och 1904 introducerades totalt sex älgar till ön. De sex älgarna som grundade populationen har förökat sig till den nuvarande populationen på uppskattningsvis 4 000-6 000 älgar. Detta har haft dramatiska effekter på de grundande älgarnas avkomma och har lett till en stor minskning av den genetiska variabiliteten inom Newfoundlands älgpopulation jämfört med populationen på fastlandet.
Andra slumpmässiga processer som genetisk drift kan leda till fixering. Genom dessa slumpmässiga processer avlägsnas vissa slumpmässiga individer eller alleler från populationen. Dessa slumpmässiga fluktuationer inom allelfrekvenserna kan leda till fixering eller förlust av vissa alleler i en population. Till höger visas en bild som visar att allelfrekvenserna varierar slumpmässigt inom en population i flera på varandra följande generationer. Ju mindre populationen är, desto snabbare sker fixering eller förlust av alleler. Alla populationer drivs dock till allelfixering och det är oundvikligt; det tar bara olika lång tid för detta att inträffa på grund av populationsstorleken.
En del andra orsaker till allelfixering är inavel, eftersom detta minskar den genetiska variabiliteten i populationen och därmed minskar den effektiva populationsstorleken. Detta gör det möjligt för genetisk drift att orsaka fixering snabbare än förväntat.
Isolering kan också orsaka fixering, eftersom det förhindrar inflödet av nya variabla alleler till populationen. Detta kan ofta ses på öpopulationer, där populationerna har en begränsad uppsättning alleler. Den enda variabilitet som kan tillföras dessa populationer är genom mutationer.