Sjöar, floder och berg är naturliga gränser utan särskilda markeringar i terrängen.
Sjöar och floder
I sjöar och floder löper gränsen vanligen genom mitten av vattendraget. Genèvesjön utgör gränsen mot Frankrike, floden Rhen mot Tyskland och floden Inn mot Österrike. Undantag från denna regel är floden Doubs i kantonen Jura, där gränsen definieras av den schweiziska flodbanken, och floden Morge i St-Gingolph, där den schweiziska flodbankens övre kant definierar gränsen.
Dessa undantag har historiska rötter och återspeglar de deltagande staternas maktförhållanden vid den tidpunkt då gränserna fastställdes. Gränsdefinitionerna där fastställs fortfarande i internationella fördrag i dag.
Bodensee är ett specialfall eftersom de tre strandstaterna Schweiz, Tyskland och Österrike aldrig har definierat en juridisk gräns. Endast en teknisk gräns har definierats mellan de tre staterna. Sjön betraktas som ett kondominium under de tre ländernas suveränitet som gränsar till den. Alla frågor som rör dess gräns behandlas genom skriftliga avtal mellan dessa länder.