GO Terms Classifications Counter

CateGOrizer, tidigare känd som ”GO Terms Classifications Counter”, är ett förbättrat och kostnadsfritt webbverktyg för användare som vill analysera GO-termer i batch i termer av GO-klasser som de representerar. En användbar egenskap hos Gene Ontology (GO) är att den hjälper till att beskriva de grundläggande termhierarkierna och relationerna mellan termer inom biologin. Det är vanligtvis en svår uppgift att få en tydlig bild av hur en uppsättning GO-termer representeras av GO:s genkategorier. Detta webbverktyg förenklar processen för databasresonemang genom att gruppera och kategorisera GO-klasser i förhållande till en given klassificeringsmetod, t.ex. GO-Slim, genom att dra nytta av förberäknade termernas förhållande baserat på GO-databasens transitiva stängning. Verktyget består av en uppsättning perl CGI-program kopplade till ett MySQL DBMS som lagrar GO-termernas DAG-data.

	INLEDNING: Batchanalys av GO-annotationer för genfunktionsgrupper är en användbar del av analysen av mikroarray- eller EST-data med hög genomströmning.Detta verktyg är till för att användarna skall kunna ta reda på förekomsterna av sina GO-termer inom var och en av de fördefinierade uppsättningarna GO-termer för föräldrar/förfäder. Programmet tar emot inmatning av GO-termer (t.ex. GO:0007067) i ett listformat eller en oformaterad vanlig textfil, utför en stegvis klassificering mot en av de tillgängliga GO-klassificeringsmetoderna, t.ex. GO_slim, GOA, EGAD, MGI_GO_slim, GO-ROOT osv. enligt användarens val, eller mot en av dina egna klassificeringsmetoder, och returnerar sedan resultaten på webben (om det tar för lång tid kommer det att skicka ett e-postmeddelande till användaren med länken till resultaten). Resultaten innehåller en tabell med alla slutliga antal och procenttal samt ett cirkeldiagram.
	USAGES: Användningen av verktyget är lika enkel som att följa dessa tre steg: Steg 3: Räkna förekomsterna av GO-termer i varje förfäderklass En videohandledning (japanska)
	FRÅGOR OCH SVAR: För korrekt användning av det här verktyget och relaterade frågor, se den här listan över vanliga frågor (FAQ). Om du har någon fråga som inte täcks av denna FAQ, tveka inte att låta oss veta.Alla återkopplingar om problem och förslag för att förbättra verktyget uppskattas.
	PUBLIKATIONER: Zhi-Liang Hu, Jie Bao och James M. Reecy (2008) ”CateGOrizer: A Web-Based Program to Batch Analyze Gene Ontology Classification Categories”. Online Journal of Bioinformatics. 9 (2):108-112. Google citat: 244 by 2020 Zhi-Liang Hu, Jie Bao and James M. Reecy (2007). ”A Gene Ontology (GO) Terms Classifications Counter”. Plant & Animal Genome XV Conference, San Diego, CA, January 13-17, 2007.