Hot Tuna började som en akustisk spinoff av Jefferson Airplane, men blev så småningom en heltidssatsning av grundarna Jack Casady och Jorma Kaukonen och blev en populär turnégrupp på 1970-talet. De två var vänner för livet och växte upp tillsammans i Washington D.C. och spelade i gruppen Triumphs. Efter gymnasiet flyttade gitarristen Kaukonen och hans föräldrar som arbetade för regeringen till Filippinerna, men han återvände till USA i tid för psykedeliens intåg, landade i San Francisco och var med och grundade Airplane 1965. Basisten Casady anslöt sig inte långt därefter och tillsammans bidrog de till att leda gruppen till enorma framgångar under det sena 60-talet.
Hot Tuna – som ursprungligen kallades Hot Sh*t, till stor förtret för deras skivbolag RCA – började först ta form 1969, medan både Casady och Kaukonen fortfarande var aktiva medlemmar i Jefferson Airplane; faktum är att deras första framträdanden var insprängda mellan de ordinarie Airplane-spelningarna. Som en trio som kompletterades av munspelaren Will Scarlet (och ibland inkluderade Airplane-medlemmarna Marty Balin och Spencer Dryden) debuterade Hot Tuna 1970 med en lågmäld självbetitlad LP med traditionell blues och ragtime som spelades in live på New Orleans House i Berkeley. På den mer rockinspirerade First Pull Up, Then Pull Down, som kom året därpå, ingick även violinisten Papa John Creach, som samtidigt var heltidsanställd i Airplane, och trummisen Sammy Piazza i deras lista. Minus Scarlet, ett tredje album, Burgers, utkom 1972.
Vid utgivningen av 1974 års The Phosphorescent Rat hade både Casady och Kaukonen officiellt lämnat Jefferson Airplane; vid den här tiden var Creach, som valt att stanna kvar i Airplane, inte längre med i gruppen. Med 1975 års America’s Choice var även Piazza borta, ersatt av trummisen Bob Steeler. Yellow Fever utkom samma år och Hoppkorv följde 1976. Keyboardisten Nick Buck skrev på för 1978 års Double Dose, men Hot Tuna meddelade därefter att de upplöstes och avslutade den första fasen av sin karriär med 1979 års Final Vinyl.
I kölvattnet av gruppens upplösning släppte Kaukonen en sololp, Jorma, och anslöt sig senare till new wave-enheten Vital Parts; Casady ledde också en egen new wave-grupp, SVT. År 1984 återvände båda till sina rötter: Casady anslöt sig till Airplane-kollegorna Balin och Paul Kantner i KBC Band, medan Kaukonen återvände till sin akustiska folk- och bluesmusik från de tidigaste åren. Slutligen spelade Casady och Kaukonen en handfull klubbspelningar under Hot Tuna-ägande och återbildade sig på en mer konkret basis 1986. 1990 ingick sångaren och multiinstrumentalisten Michael Falzarano, en veteran från många av de tidiga återföreningsshowerna, i deras ledband.
Samma år släppte Hot Tuna Pair a Dice Found, deras första samling med nytt studiomaterial på över ett decennium; en serie liveutgåvor följde, inklusive 1992 års Live at Sweetwater, 1997 års Splashdown Two och 1999 års And Furthurmore…. Under de följande åren fortsatte Hot Tuna att spela flera livespelningar per år i olika konstellationer. En best-of på en enda skiva från RCA-åren, Keep on Truckin’, släpptes 2006. Gruppens första studioalbum på 20 år, Steady as She Goes, som spelades in i Levon Helms studio i Woodstock, New York, och producerades av Larry Campbell, släpptes på Red House Records 2011.