Johann van Beethoven var son till Maria Josepha Ball (gift 1733) och Lodewijk eller Ludwig van Beethoven (1712-1773); inte att förväxla med Johanns berömda son med samma namn), som troligen var född i eller i närheten av staden Mechelen i Habsburgs Nederländerna (nu i Flandern, Belgien), och som hade tjänstgjort som musiker i flera samhällen i och omkring Mechelen innan han 1733 etablerade sig i Bonn, där han tjänstgjorde som musiker vid hovet av Clemens August av Bayern, som var prins-arkebiskop och valherre av Köln, och som 1761 blev kapellmästare. Johann van Beethoven visade också musikalisk talang och anslöt sig till hovet, främst som sångare, 1764. Förutom att sjunga (hans omfång, som vanligtvis beskrivs som en tenor, kan ha sträckt sig till alt och även högre register) spelade han violin och cittra och spelade och undervisade i tidens klaviaturinstrument, inklusive cembalo och clavichord.
Han träffade sin blivande hustru, Maria Magdalena Keverich (1746-1787), på en resa till Ehrenbreitstein. Hon var dotter till chefskocken till Johann IX Philipp von Walderdorff, ärkebiskopen elektor av Trier, vars hov fanns där, och hon hade familjeanknytningar i hovorkestern i Bonn. Keverich var änka redan vid nitton års ålder. Hon och Johann gifte sig den 12 november 1767 i den katolska kyrkan St Remigius i Bonn. De fick sju barn, varav tre levde upp till vuxen ålder:
- Ludwig Maria van Beethoven (2 april 1769 – 6 april 1769)
- Ludwig van Beethoven (16 december 1770 i Bonn, Kurköln – 26 mars 1827)
- Kaspar Anton Karl van Beethoven (8 april 1774 – 15 november 1815)
- Nikolaus Johann van Beethoven (2 oktober 1776 – 12 januari 1848)
- Anna Maria Franziska van Beethoven (23 februari 1779 – 27 februari 1779)
- Franz Georg van Beethoven (17 januari 1781 – 16 augusti 1783)
- Maria Margarete Josepha van Beethoven (5 maj 1786 – 26 november 1787)
Johann insåg Ludwigs talang och blev hans första lärare. Han var dock en missbrukande far enligt flera vittnen. ”Det fanns få dagar då han inte blev slagen för att tvinga honom att sätta sig vid pianot”, berättade en av Ludwigs barndomsvänner. Ett domstolsråd rapporterade att Johann ibland låste in Ludwig i en källare. När Ludwig spelade dåligt utropade Johann att det var en skam för familjen. Johann var alkoholist, en situation som förvärrades när Maria dog 1787, varefter familjen blev alltmer beroende av den unge Ludwig för sitt uppehälle. År 1789 fick den 18-årige Ludwig ett beslut som resulterade i att hälften av Johanns lön skulle överlämnas till honom för att försörja familjen.
Johann dog 1792, inte långt efter att Ludwig flyttat till Wien för att studera hos Joseph Haydn. Hans arbetsgivare kurfursten skrev sardoniskt till en vän: ”Intäkterna från spritskatten har lidit en förlust i och med Beethovens död”
.