Och även om det ofta försummas, försämras kärnproverna alltid i viss utsträckning i samband med att kärnan skärs av, hanteras och studeras. Icke-förstörande tekniker blir allt vanligare, t.ex. användning av MRT-skanning för att karakterisera korn, porvätskor, porutrymmen (porositet) och deras interaktioner (som utgör en del av permeabiliteten), men sådana dyra finesser är sannolikt bortkastade på en borrkärna som har skakats på en ofjädrande lastbil under 300 km grusväg. Vad som händer med borrkärnor mellan hämtningsutrustningen och det slutliga laboratoriet (eller arkivet) är en ofta försummad del av registerhållning och hantering av borrkärnor.
Borrkärnor har kommit att erkännas som en viktig datakälla, och mer uppmärksamhet och omsorg läggs på att förhindra skador på kärnan under olika stadier av dess transport och analys. Det vanliga sättet att göra detta är att frysa kärnan helt och hållet med hjälp av flytande kväve, som är billigt att skaffa. I vissa fall används också speciella polymerer för att bevara och sitta/kudda kärnan från skador.
Och på samma sätt har ett kärnprov som inte kan relateras till sin kontext (var det fanns innan det blev ett kärnprov) förlorat en stor del av sin nytta. Identifieringen av borrhålet och kärnans position och orientering (”vägen upp”) i borrhålet är avgörande, även om borrhålet är i en trädstam – dendrokronologer försöker alltid inkludera en barkyta i sina prover så att datumet för trädets senaste tillväxt kan bestämmas otvetydigt.
Om dessa uppgifter separeras från kärnproverna är det i allmänhet omöjligt att återfå dessa uppgifter. Kostnaden för en kärnborrning kan variera från några valutaenheter (för en handupptagen kärna från ett mjukt jordsnitt) till tiotals miljoner valutaenheter (för sidoväggskärnor från ett avlägset borrhål till havs på många kilometers djup). Otillräcklig registrering av sådana grundläggande data har förstört användbarheten av båda typerna av borrkärnor.
Olika discipliner har olika lokala konventioner för att registrera dessa data, och användaren bör bekanta sig med sitt områdes konventioner. Inom oljeindustrin registreras till exempel kärnans orientering vanligtvis genom att märka kärnan med två längsgående färgstreck, med det röda till höger när kärnan hämtas och märks vid ytan. Kärnor som tas fram för mineralbrytning kan ha sina egna, annorlunda konventioner. Civilingenjörsarbete eller markundersökningar kan ha sina egna, annorlunda konventioner eftersom deras material ofta inte är tillräckligt kompetenta för att göra permanenta märken.
Det blir allt vanligare att behålla kärnproverna i cylindriska förpackningar som ingår i kärnskärningsutrustningen, och att göra märkena på dessa ”inre tunnor” på fältet innan de bearbetas och analyseras vidare i laboratoriet. Ibland transporteras kärnorna från fältet till laboratoriet i lika långa längder som de kommer ut ur marken; andra gånger skärs de till standardlängder (5 m eller 1 m eller 3 fot) för transport, och sätts sedan ihop igen i laboratoriet. Vissa av systemen med ”inre fat” kan vändas om på kärnprovet, så att provet i laboratoriet går ”åt fel håll uppåt” när kärnan sätts ihop igen. Detta kan komplicera tolkningen.
Om man i borrhålet gör petrofysikaliska mätningar av väggberget, upprepar dessa mätningar längs kärnans längd och sedan korrelerar de två datamängderna, kommer man nästan alltid att finna att det registrerade djupet för ett visst kärnstycke skiljer sig åt mellan de två mätmetoderna. Vilken uppsättning mätningar man ska tro på blir då en politisk fråga för kunden (i en industriell miljö) eller en mycket kontroversiell fråga (i ett sammanhang utan en överordnad myndighet). Genom att registrera att det finns avvikelser, oavsett orsak, behålls möjligheten att korrigera ett felaktigt beslut vid ett senare tillfälle; genom att förstöra de ”felaktiga” djupuppgifterna blir det omöjligt att korrigera ett misstag senare. Alla system för lagring och arkivering av data och kärnprover måste utformas så att avvikande åsikter som denna kan bevaras.
Om kärnprover från en kampanj är kompetenta är det vanlig praxis att ”slabba” dem – skära provet i två eller flera prover på längden – ganska tidigt i laboratoriebehandlingen så att en uppsättning prover kan arkiveras tidigt i analyssekvensen som ett skydd mot fel i behandlingen. ”Det är vanligt att kärnan delas upp i en 2/3- och en 1/3-uppsättning. Det är också vanligt att en uppsättning behålls av huvudkunden medan den andra uppsättningen går till regeringen (som ofta ställer krav på en sådan donation som ett villkor för att få tillstånd för prospektering/exploatering). ”Slabbing” har också fördelen att man förbereder en plan, slät yta för undersökning och testning av profilpermeabilitet, vilket är mycket lättare att arbeta med än den typiskt grova, böjda ytan på kärnproverna när de kommer nyss från borrningsutrustningen. Fotografering av råa och ”slabbade” kärnytor är rutin, ofta i både naturligt och ultraviolett ljus.
En längdenhet som ibland används i litteraturen om havsbottenkärnor är cmbsf, en förkortning för centimeter under havsbotten.