Prognosen tenderar att vara god för patienter med MG. Det är ofta bäst att inte behandla milda fall av MG. Behandlingen kräver att man undviker läkemedel som kan försämra den neuromuskulära överföringen, t.ex. aminoglykosidantibiotika, kinolonantibiotika, betablockerare, klorokin, antiarytmika, kalciumkanalblockerare, vissa antikonvulsiva medel och intravenös jodkontrast bör undvikas.
MG är karakteristiskt varierande i förlopp, där frekvensen av diplopi och ptos påverkas av miljömässiga, känslomässiga och fysiska faktorer som starkt solljus, stress, virussjukdom, menstruation, graviditet osv. Spontan remission kan inträffa hos vilken patient som helst och kvarstå i flera år. I en studie av den naturliga utvecklingen av generaliserad MG bland 168 patienter (med en genomsnittlig uppföljning på 12 år) upplevde 14 % fullständig remission.
Patienter med mild till måttlig okulär myastheni behandlas vanligen initialt med orala antikolinesterasmedel, där Mestinon (pyridostigmin) är det mest använda. Det har inte genomförts några randomiserade kliniska prövningar med dessa medel, och denna behandling är ofta misslyckad, särskilt när det gäller att lösa diplopi. Immunosuppressiv behandling inleds då och det medel som väljs är vanligtvis prednison. I en liten kontrollerad studie visade detta läkemedel större effekt än pyridostigmin. Steroidbehandling är kontroversiell, men i en annan studie tyder resultaten på att prednison minskar utvecklingen till generaliserad MG. Det finns ingen enskild rekommenderad doseringsregim med tanke på de biverkningar som vanligen förknippas med kronisk kortikosteroidbehandling och svårigheten att avvänja patienter från steroider utan att symtomen förvärras. Svaret på prednisonbehandling är varierande.
Tillfälligt bör MG-patienter undersökas med avseende på thymom, och om detta påträffas bör de genomgå en operation för att åtgärda detta tillstånd. En profylaktisk tymektomi är kontroversiell, men har visat sig vara till hjälp hos unga MG-patienter med akut sjukdom inom tre år efter sjukdomsdebuten, hos patienter med förstorade tymuskörtlar och för vilka kirurgi är lågrisk, samt hos patienter med generaliserad MG som inte svarar på medicinsk behandling.
Symtomen vid okulär MG kan också åtgärdas med icke-medicinska medel. Ptos kan korrigeras med placering av kryckor på glasögon och med ptosband för att höja ögonlocksfallet. Diplopi kan åtgärdas genom ocklusion med ögonlappar, frostat glas, ockluderande kontaktlinser eller genom att helt enkelt placera ogenomskinlig tejp över en del av glasögonen. Även plastprismor (Fresnelprismor) kan fästas på glasögonen hos en diplopisk patient, vilket gör det möjligt att anpassa synen från båda ögonen i den drabbade riktningen, men är ofta problematiskt om graden av muskelsvaghet, och därmed den okulära felinställningen, fluktuerar ofta.