Biskop William Quarter, Chicagos första biskop, övervakade skapandet och den tidiga utvecklingen av University of Saint Mary of the Lake med det primära målet att ordna präster för att tjäna det växande stiftet. Efter år av blomstrande verksamhet men växande ekonomisk börda tvingades universitetet att stänga 1866.
Med anledning av ett behov av fler präster tvingades ärkebiskop George Mundelein att återuppta institutionen som Saint Mary of the Lake Seminary runt 1921. År 1926 invigde seminariet en ny campuskyrka, ritad av Chicago-arkitekten Joseph W. McCarthy. Institutionen blev känd över hela världen 1926 som platsen för den 28:e internationella eukaristiska kongressen.
I september 1929 fick seminariet en andra stadga, denna gång från Heliga stolen. Kardinal Mundelein fick från den heliga kongregationen för seminarier och universitet befogenhet att utfärda Heliga stolens internationella akademiska examina. År 1934 fick den ecklesiastiska teologiska fakulteten vid Mundelein en permanent tilldelning av denna befogenhet. Seminariet blev den första amerikanska institutionen som hedrades som en påvlig teologisk fakultet enligt den apostoliska konstitutionen. Den ledande liturgiska ledaren och katolska aktionens kaplan Msgr Reynold Henry Hillenbrand tjänstgjorde som rektor för St Mary of the Lake Seminary 1936-1944.
Under ledning av kardinal Albert Meyer öppnade seminariet 1961 ett andra campus i Niles, Illinois. Campuset i Niles blev platsen för det tvååriga liberala konstprogrammet. Campus Mundelein omfattade de högre klassens collegestudier i filosofi följt av ett fyraårigt teologiprogram. Under kardinal Meyers efterträdare, kardinal John Cody, anslöts grundutbildningen till Loyola University of Chicago och blev Niles College of Loyola University. Saint Mary of the Lake Seminary var nu enbart en teologisk högskola. Det program som blev resultatet av denna översyn fortsatte att genomföras under mer än ett decennium, och dess akademiska, utbildningsmässiga/andliga och pastorala aspekter styrdes av programmet för prästutbildning från National Conference of Catholic Bishops och direktiven från den heliga kongregationen för katolska institutioner.
1971 blev Saint Mary of the Lake Seminary anslutet till Association of Theological Schools of the United States and Canada, som är ackrediteringsorgan för teologiska seminarier och gudstjänstskolor.
1976 innebar två milstolpar i seminariets historia. I samarbete med Center for Pastoral Ministry, ärkestiftet Chicagos fortbildningsskola, inledde seminariet ett studieprogram som ledde till den nya doktorsexamen i pastorala tjänster. År 1976 firade seminariet också 50-årsdagen av de första ordinationerna som hölls i Chapel of the Immaculate Conception.
Under ledning av ärkebiskop Joseph Bernardin inledde seminariets fakultet 1982 en grundlig översyn av det program som hade funnits i tio år. Förändringarna hade som mål att bättre genomföra de mål som anges i den tredje upplagan av programmet för prästutbildning.
År 1986 meddelade kardinal Bernardin att University of Saint Mary of the Lake skulle återupplivas genom att en skola för fortbildning, Center for Development in Ministry, skulle läggas till på campus. Det nya centret skulle fortsätta arbetet med fortbildning för präster, vilket var uppdraget för Center for Pastoral Ministry, men skulle nu utvidgas till att erbjuda fortbildning till alla som är i tjänst, präster, ordensfolk och lekmän. Saint Mary of the Lake Seminary antog återigen namnet på sin ursprungliga stadga från 1844, University of Saint Mary of the Lake, och hedrade sin andra grundare genom att döpa om forskarskolan till Mundelein Seminary.
Under 1996 besöktes Mundelein Seminary av medlemmar av Bishops’ Committee on Seminaries. Efter en omfattande serie möten med lärare och studenter gav medlemmarna i kommittén en stark rekommendation till seminarieprogrammet.
Kardinalen Francis George fortsatte denna utveckling av universitetet i februari 2000 genom att överföra ärkestiftet Chicagos program för utbildning av präster till seminariet. Tre tidigare organ vid Pastoral Center överfördes dit för att bli program vid Mundelein Seminary. Till USML anslöt sig det året programmet för utbildning av lekmannatjänster, programmet för utbildning av diakoner och Instituto de Liderazgo Pastoral. Även om de förblir separata och åtskilda från programmet för prästutbildningen ska de alla samarbeta under seminariets ledning för att främja arbetet med förberedelse och utbildning för alla som är involverade i pastoral tjänst. Planer har också påbörjats för att separera fortbildningsprogrammen för Center for Development in Ministry från universitetet och förlägga dem som ett organ inom Pastoral Center. Samma planer omfattade den fortsatta driften av ett konferenscenter vid University of Saint Mary of the Lake. Detta skulle göra Mundelein Seminary till centrum för all grundläggande utbildning för ämbetet, medan fortbildning skulle överlåtas till andra organ. För att återspegla denna utveckling beslutade styrelsen att anta ett sammansatt namn, University of Saint Mary of the Lake/Mundelein Seminary. Detta följer stilen hos de flesta påvliga universitet som har ett formellt namn och ett gemensamt namn som blir utbytbara.
Också år 2000 inrättade kardinal George det liturgiska institutet vid University of Saint Mary of the Lake / Mundelein Seminary. Detta är det första steget i kardinalens nya vision att utvidga universitetet till att omfatta specialiserade institut för att stödja ärkestiftets viktigaste tjänster.
The Mundelein Psalter, den första kompletta utgåvan i en volym som innehåller de godkända engelskspråkiga texterna av Liturgy of the Hours med psalmer som är spetsade för sjungandet av det gudomliga kontoret, publicerades 2007.
Den 22 september 2012 dog Syster Sara Butler, M.S.B.T, professor och medlem av den internationella teologiska kommissionen, valdes till en av de av påven utsedda experterna vid den kommande 13:e ordinarie generalförsamlingen i oktober 2012 för biskopssynoden om den nya evangelisationen.
Monsignor Dennis J. Lyle var den avgående rektorn och presidenten för seminariet och universitetet; han efterträddes den 1 juli 2012 av den pastorala fadern Robert Barron. Fader Thomas A. Baima är vicerektor för akademiska frågor och samordnar universitetets skolor och institut. Den 3 december 2012 utsågs Elizabeth Nagel till efterträdare till fader John G. Lodge som rektor för den (mestadels lekmannamässiga och forskarutbildade) påvliga teologiska fakulteten.