Administrativt är den västra öknen uppdelad mellan olika guvernement; i norr och väster förvaltar Matrouh-guvernementet området från Medelhavet söderut till ca 27*40′ nordlig latitud och New Valley-guvernementet därifrån till Sudangränsen, medan delar av den västra öknen i öster ligger i guvernementen Giza, Fayyum, Beni Suef och Minya.
Regionen beskrivs av en författare som ”en högplatå som i genomsnitt ligger cirka 500 fot över havet, karg, med grus och stenar, mörkbrun i färgen, ibland prickig med buskage, och vid första anblicken platt”. Han konstaterar också att mycket lite av området överensstämmer med ”den romantiska bilden… Hollywoodlandskapet med vindformade sanddyner med enstaka oaser som kantas av palmer” (även om det finns sådana områden i Sandhavet där sanddynerna skulpterats till fantastiska former); området är också platsen för en rad oaser som skapats där marken sänker sig tillräckligt mycket för att möta en grundvattentäkt. Dessa ligger i en båge från Siwa i nordväst nära den libyska gränsen till Bahariya, Farafra, Dakhla och sedan Kharga i söder. Öster om Siwa ligger Qattara-dalen, ett låglänt område med saltkärr som sträcker sig 310 km från väst till öst och 135 km från norr till söder. Längre österut, nära Nilen, ger en annan sänka upphov till Fayyum-oasen, ett tätbefolkat område som är skilt från Nilens huvuddal.
I söder, bortom Bahariya-oasen, ligger Svarta öknen, ett område med svarta vulkaniska kullar och doleritavlagringar. Bortom detta, norr om Farafra, ligger den vita öknen, ett område med vindskulpterade kalkstensformationer som ger området dess namn. Söder om Kharga höjer sig platån mot Gilf Kebir, ett höglandsområde som ligger på gränsen mellan Egypten och Sudan och som är hemvist för förhistoriska platser som simmargrottan.
I sydväst, nära den punkt där Libyens, Sudans och Egyptens gränser möts, finns ett område med ökenglas, som tros ha bildats av ett meteoritnedslag i Kebira, på andra sidan gränsen i Libyen.
Det stora sandhavet är ett grovt lungaformat område med sandöken som ligger på gränsen till Libyen, 320 km inåt landet från Medelhavet. Havet delas av en lång halvö av stenöken längs gränsen, vilket gör att den östra loben ligger i Egypten och den västra i Libyen, där den kallas Calanshioöknen. På den egyptiska sidan sträcker den sig från en punkt söder om Siwa i 640 km in i det inre, till en punkt norr om Jebel Uweinat.