El obispo William Quarter, primer obispo de Chicago, supervisó la creación y el desarrollo inicial de la Universidad de Santa María del Lago con el objetivo principal de ordenar sacerdotes para servir a la creciente diócesis. Tras años de floreciente funcionamiento pero con una creciente carga financiera, la universidad se vio obligada a cerrar en 1866.
Expresando la necesidad de más sacerdotes, el arzobispo George Mundelein se vio obligado a reabrir la institución como Seminario de Santa María del Lago hacia 1921. En 1926, el seminario inauguró una nueva iglesia en el campus, diseñada por el arquitecto de Chicago Joseph W. McCarthy. La institución se dio a conocer en todo el mundo en 1926 como sede del 28º Congreso Eucarístico Internacional.
En septiembre de 1929, el seminario recibió una segunda carta, esta vez de la Santa Sede. El cardenal Mundelein obtuvo de la Sagrada Congregación para los Seminarios y las Universidades la autoridad para conceder los títulos académicos internacionales de la Santa Sede. En 1934, la Facultad Eclesiástica de Teología de Mundelein fue honrada con la concesión permanente de esta autoridad. El seminario se convirtió en la primera institución americana en ser honrada como facultad teológica pontificia bajo la Constitución Apostólica. El líder litúrgico y capellán de la Acción Católica monseñor Reynold Henry Hillenbrand fue rector del Seminario de Santa María del Lago entre 1936 y 1944.
Bajo el liderazgo del cardenal Albert Meyer, en 1961 el seminario abrió un segundo campus en Niles, Illinois. El campus de Niles se convirtió en la sede del programa de artes liberales de dos años. El campus de Mundelein incluía los estudios universitarios de nivel superior en filosofía, seguidos de un plan de estudios de teología de cuatro años. Bajo el sucesor del cardenal Meyer, el cardenal John Cody, el programa de licenciatura se afilió a la Universidad Loyola de Chicago y se convirtió en el Niles College de la Universidad Loyola. El Seminario Saint Mary of the Lake pasó a ser estrictamente una escuela de posgrado en teología. El programa resultante de esa revisión siguió aplicándose durante más de una década, sus aspectos académicos, formativos/espirituales y pastorales guiados por el Programa de Formación Sacerdotal de la Conferencia Nacional de Obispos Católicos y las directrices de la Sagrada Congregación para las Instituciones Católicas.
En 1971, el Seminario Santa María del Lago se afilió a la Asociación de Escuelas Teológicas de Estados Unidos y Canadá, que es el organismo de acreditación de los seminarios teológicos y las escuelas de divinidad.
1976 fue testigo de dos hitos en la historia del seminario. En colaboración con el Centro para el Ministerio Pastoral, la escuela de formación continua de la archidiócesis de Chicago, el seminario comenzó un programa de estudios que conducía al nuevo título de doctor en ministerio. También en 1976, el seminario celebró el 50º aniversario de las primeras ordenaciones celebradas en la Capilla de la Inmaculada Concepción.
En 1982, bajo la dirección del arzobispo Joseph Bernardin, el profesorado del seminario inició una profunda revisión del programa que había estado en vigor durante diez años. Los cambios tenían como objetivo una mejor implementación de los objetivos establecidos en la tercera edición del Programa de Formación Sacerdotal.
En 1986, el cardenal Bernardin anunció que la Universidad de Santa María del Lago sería revivida con la adición al campus de una escuela de educación continua, el Centro para el Desarrollo del Ministerio. El nuevo centro continuaría la labor de formación continua de los sacerdotes, que era la misión del Centro de Pastoral, pero ahora se ampliaría para ofrecer formación continua a todos los que ejercen el ministerio, clérigos, religiosos y laicos. El Seminario Saint Mary of the Lake adoptó de nuevo el nombre de su carta original de 1844, Universidad de Saint Mary of the Lake, y honró a su segundo fundador cambiando el nombre de la escuela de postgrado por el de Seminario Mundelein.
Durante 1996, el Seminario Mundelein recibió la visita de los miembros del Comité de Obispos sobre Seminarios. Después de una extensa serie de reuniones con el profesorado y los estudiantes, los miembros del comité dieron una fuerte recomendación al programa del seminario.
El cardenal Francis George continuó este desarrollo de la universidad en febrero de 2000 al transferir los programas de formación ministerial de la archidiócesis de Chicago al seminario. Tres antiguos organismos del Centro Pastoral fueron trasladados allí para convertirse en programas del Seminario Mundelein. Ese año se unieron a la USML el Programa de Formación para el Ministerio Laico, el Programa de Formación para el Diaconado y el Instituto de Liderazgo Pastoral. Aunque permanecen separados y diferenciados del programa de formación sacerdotal, todos deben cooperar bajo la égida del seminario en el avance de los esfuerzos de preparación y formación ministerial para todos los involucrados en el ministerio pastoral. También se han iniciado planes para separar los programas de formación continua del Centro de Desarrollo Ministerial de la universidad y reubicarlos como una agencia del Centro Pastoral. Estos mismos planes incluían la continuación del funcionamiento de un Centro de Conferencias en la Universidad de Santa María del Lago. Esto convertiría al Seminario de Mundelein en el centro de toda la formación básica para el ministerio, dejando la formación continua a otras agencias. Para reflejar esta evolución, el Consejo Asesor decidió adoptar un nombre compuesto, Universidad de Santa María del Lago / Seminario Mundelein. Esto sigue el estilo de la mayoría de las universidades pontificias que tienen un nombre formal y un nombre común que llegan a ser intercambiables.
También en 2000, el Cardenal George estableció el Instituto Litúrgico en la Universidad de Santa María del Lago / Seminario Mundelein. Este es el primer paso de una nueva visión del cardenal de ampliar la universidad para incluir institutos especializados que apoyen los principales ministerios de la archidiócesis.
El Salterio de Mundelein, la primera edición completa en un solo volumen que contiene los textos aprobados en inglés de la Liturgia de las Horas con salmos señalados para el canto del Oficio Divino, se publicó en 2007.
El 22 de septiembre de 2012, la hermana Sara Butler, M.S.B.T., profesora y miembro de la Comisión Teológica Internacional, fue elegida para ser una de las expertas designadas por el Papa en la próxima XIII Asamblea General Ordinaria del Sínodo de los Obispos sobre la Nueva Evangelización, que tendrá lugar en octubre de 2012.
Monseñor Dennis J. Lyle era el rector y presidente saliente del seminario y la universidad; le sucedió el 1 de julio de 2012 el reverendo padre Robert Barron. El padre Thomas A. Baima es el vicerrector de Asuntos Académicos, que coordina las escuelas e institutos de la universidad. El 3 de diciembre de 2012, Elizabeth Nagel fue nombrada para suceder al padre John G. Lodge como presidenta de la Facultad Pontificia de Teología (mayoritariamente laica y de postgrado).