- Bases de Dados Primárias de Modelos 3-D Determinados Empiricamente
- Bases de Dados Estruturais Relacionadas
- Bases de Dados de Classificação Estrutural
- Bases de Dados Estruturais Especializadas
- Bases de Dados de Modelos 3-D Determinados Teoricamente 3-Modelos D
- Bases de Dados Primárias de Modelos 3-D Empiricamente Determinados
- Bases de dados estruturais (derivadas) relacionadas
- Bases de dados de classificação estrutural
- Bases de dados estruturais especializadas
- As seguintes bases de dados concentraram-se em famílias específicas de proteínas ou outras macromoléculas biológicas e incluem informações estruturais derivadas da wwPDB.
- Bases de dados de modelos 3-D teoricamente determinados
- As seguintes bases de dados incluem modelos 3-D de proteínas calculadas por modelagem comparativa. Antes de iniciar seu próprio projeto de modelagem comparativa, experimente estas bases de dados.
- abrir em nova janelaRCSB PDB (EUA)
- MSD-EBI (Europa)
- abrir em nova janelaPDBj (Japão)
| abrir em nova janelaBMRB |
BioMagResBank. Um repositório de dados da espectroscopia NMR em biomoléculas. O BMRB é parte do wwPDB. As coordenadas e dados de restrição são liberados pelo PDB enquanto outros dados espectrais NMR (tais como mudanças químicas, constantes de acoplamento e parâmetros de relaxamento) são arquivados pelo BMRB.
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|---|---|---|
| abrir em nova janelaCSD |
The Cambridge Structural Database. Repositório comercial de pequenas estruturas de cristais de moléculas orgânicas incluindo pequenos polipéptidos e polissacáridos (CSD com licença WIS)
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| abrir em nova janelaNDB |
Um repositório de informações estruturais sobre ácidos nucléicos. As estruturas são arquivadas tanto no wwPDB como no NDB.
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| aberto em nova janelawwPDB |
O Banco Mundial de Dados de Proteínas (wwPDB) é o repositório único internacionalmente reconhecido de todas as estruturas tridimensionais macromoleculares publicadas e determinadas empiricamente. O arquivo do PDB pode ser acessado através dos seguintes portais: |
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| Alertas | ||
| abrir em nova janelaPDBalert | Automático sistema que alerta os usuários assim que uma estrutura de PDB com homologia a uma proteína de interesse fica disponível | |
| soaPDB | Ferramenta web para geração e organização de pesquisas PDB salvas, incluindo alertas automáticos de e-mail | |
abrir em nova janelaSeqAlert  |
Sistema automático que alerta os usuários assim que uma estrutura de PDB com homologia a uma proteína de interesse fica disponível | |
| Biblioteca Jena | A base de dados tem como objectivo integrar informação relativa a modelos estruturais no PDB com ênfase na visualização e análise. |
|---|---|
| Abrir em nova janelaMMDB | Base de dados de estruturas Entrez 3-D do NCBI. O NCBI tem dados estruturais cruzados com a informação bibliográfica, com as bases de dados sequenciais, e com a taxonomia do NCBI. Inclui ferramentas para visualização da sequência e da estrutura (Cn3D). |
| abrir em nova janelaOCA |
OCA, uma base de dados para estrutura/função de proteínas. OCA integra dados de várias fontes abertas em novas janelas com ênfase na informação da estrutura-estrutura-função da sequência. |
| aberto em nova janelaPDBsum | O PDBsum é uma base de dados pictórica que fornece uma visão geral do conteúdo de cada estrutura 3D depositada no PDB. Ele mostra a(s) molécula(s) que compõem a estrutura (ou seja, cadeias de proteínas, DNA, ligandos e íons metálicos) e diagramas esquemáticos de suas interações. |
| PDBWiki | Base de conhecimento comunitária anotada de estruturas moleculares biológicas e informações relacionadas. |
| Abrir em nova janelaProteopédia |
Enciclopédia wiki colaborativa de proteínas e outras estruturas de macromoléculas. Proteopedia contém uma página para cada entrada na wwPDB, assim como páginas interactivas feitas pelos utilizadores que têm como objectivo apresentar informação de estrutura/função de uma forma amigável a um vasto público científico. A Proteopedia emprega uma ferramenta de autoria de cenários fácil de usar. |
| CATH |
Base de dados de classificação hierárquica
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|---|---|
| abrir em nova janelaSCOP |
Base de dados de classificação hierárquica
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| abrir em nova janelaBase de dados Dali |
Dobrar classificação com base na estrutura-alinhamento da estrutura de proteínas
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| TOPS |
Base de dados de topologias de proteínas
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| abrir em nova janelaAmyPDB | Proteínas aloidais, |
|---|---|
| abrir em nova janelaAntibodies | Cytochrome P450 |
| abrir em nova janelaCAZy | Carbohidrato activo enzimas |
| CyBase | Proteínas cíclicas |
| abrir em nova janelaCYPED | |
| abrir em novo windowEC→PDB | Enzimas |
| abrir em nova janelaESTHER | Alpha/beta hidrolases homólogo a colinesterases |
| abrir em nova janelaEyeSite | Proteínas que funcionam no olho |
| abrir em nova janelaGLYCO3D | Carboidratos, Lectinas, Glycosyltransferases, Proteínas de ligação da mordaça |
| GlycoSuite | Glicanos |
| GlicoSCIENCE | |
| abrir em nova janelaGPCRDB | G proteína-receptores acoplados |
| abrir em nova janelaHIV Base de dados estrutural | |
| abrir em nova janelaHMPDb | Proteínas mitocondriais humanas |
| abrir em nova janelaHmrbase | Hormonas |
| abrir em nova janelaHomeodomain Resource | |
| abrir em nova janelaKNOTIN | |
| abrir em nova janelaLS-SNP/PDB | Anotado não anotadoSNPs sinônimos mapeados para estruturas PDB |
| MEROPS | Peptidases |
| MDB | Metaloproteínas |
| MemPro | Proteínas da membrana |
| MPDB | Membrana proteínas |
| RNA FRABASE | |
| SAAPdb | Mapping SNPs e patogénicos desvios (PDs) para dados estruturais da proteína |
| SDAP | Proteínas alergênicas |
| EF-Mão | |
Bases de dados de modelos 3-D teoricamente determinados
As seguintes bases de dados incluem modelos 3-D de proteínas calculadas por modelagem comparativa. Antes de iniciar seu próprio projeto de modelagem comparativa, experimente estas bases de dados.
Cálculos automáticos com ModPipe
Estruturas de modelos de diferentes recursos (CSMP, JCSG, MCSG, NESG, NYSGXRC, JCMM, ModBase, SWISS-MODEL Repository)
Cálculos automáticos com SWISS_MODEL